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近年来,猪群中新发病原不断涌现,尤其是小DNA病毒,其直接或间接地给我国乃至世界养猪业造成了巨大的经济损失。圆环病毒科圆环病毒属的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)、未定科的指环病毒属的猪细环病毒(Porcine torque teno virus,PTTV)及细小病毒科细小病毒亚科博卡病毒属的猪博卡病毒(Porcine bocavirus,PBoV)都是小DNA病毒,其基因组在1.7kb~5.2kb之间。本研究主要对以上三种病毒进行分子流行病学研究,研究内容如下:在PCV2的分子流行病学研究中,普通PCR检测结果显示PCV2在2009年送检病料中的检出率(61.3%,117/191)显著性高于2008年的检出率(19.4%,61/315)(P<0.05)。先前的鉴别PCR被优化,对随机选取的118份PCV2阳性样品进行检测,结果显示PCV2a/2e阳性率为30.5%,PCV2c/2d阳性率为37.3%,共感染率为32.2%。而在41份健康的猪样品中未检测到共感染的存在,但PCV2的单一感染存在(10/41)。从共感染样品GX0841和BJ0901中得到4株PCV2全基因组,进化树分析结果表明4株PCV2属于不同的基因型(PCV2a、PCV2d、PCV2e和PCV2f)。此外,运用PCR和滚环扩增方法得到16株PCV2全基因组,进化树分析显示它们被分为5个不同的基因型,但未检测到PCV2c在我国流行。统计2009年191份病料检测结果还发现PRRSV和CSFV在PCV2阳性样品中的感染率显著性高于PCV2阴性样品中的感染率,分别为55.6% vs 36.5%和30.8% vs 17.6%。在PTTV的分子流行病学研究中,PCR检测结果显示PTTV在2008年和2009年送检病料中的检出率分别为83.3%(50/60)和77%(147/191),无显著性差异存在(P>0.05),但其明显高于健康猪体内检出率(48.8%,20/41)(P<0.01)。克隆PCR产物时发现同一份样品中存在多种PTTV株的共感染现象。序列比对分析认为PTTV2的非编码区核苷酸序列比PTTV1变异大,主要表现在11个或12+21个核苷酸插入。进化树分析也显示PTTV2不同株之间的进化关系较远。PRRSV在PTTV1阳性发病样品中的感染率(42.7%,56/131)与阴性样品中感染率(45%,27/60)不存在显著性差异(P>0.05),而PRRSV在PTTV2阳性发病样品中的感染率(52.4%,54/103)显著性高于PTTV2阴性发病样品中的感染率(33%,29/88)(P<0.01);CSFV在PTTV1和PTTV2阳性发病样品中的感染率(32.8%和37.9%)均显著性高于阴性样品中感染流行(15%和14.8%)(P<0.01)。在PBoV的分子流行病学研究中,首次建立了PBoV的PCR检测方法,其具有良好的特异性、敏感性和重复性。对2009年送检的191份病料及收集的41份健康猪样品进行检测,结果显示PBoV在猪群中广泛存在,其在发病猪中的检出率为39.3%(75/191),尤其以断奶仔猪中检出率(69.7%,69/99)最高,而在健康猪样品中检出率较低(7.3%,3/41)。序列比对显示PBoV的部分VP1/VP2基因很保守,同源性在99%~100%之间。PRRSV在PBoV阳性样品中的感染率(66.7%,50/75)显著性高于PBoV阴性样品(28.4%,33/116)(P<0.05),而CSFV在PBoV阳性样品中的感染率(33.3%,25/75)虽然高于PBoV阴性样品中的感染率(23.3%,27/116),但不存在显著性差异(P>0.05)。