卵形鲳鲹瘦素基因克隆及其SNPs与生长性状关联分析

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卵形鲳鲹是我国重要的海水经济鱼类,近年来面临病害频发、生长周期变长等问题。培育出具有优良性状的卵形鲳鲹品种,是解决该问题的重要手段之一。采用分子标记辅助育种的策略能够大大提高卵形鲳鲹的育种效率。本研究克隆得到卵形鲳鲹leptin-a基因的cDNA全长序列及genomic DNA序列,分析了该基因在卵形鲳鰺群体中的SNPs位点及其多态性与生长性状的关联性,具体研究结果如下:1.运用RACE技术克隆卵形鲳鲹leptin-a基因序列,得到以下结果:(1)克隆得到卵形鲳鲹leptin-a基因的cDNA序列全长为1265bp。(2)扩增获得卵形鲳鲹leptin-a基因的DNA序列长度为2019bp,其中外显子1长度为28bp,内含子1长度为665bp,外显子2有150bp,内含子2长度为89bp,外显子3长度为336bp,开放阅读框486bp,编码161个氨基酸。(3)应用基因组步移方法,获得leptin-a基因获得5’侧翼序列1932bp。2.据其他已知脊椎动物leptin/leptin-a的结构,可推测出卵形鲳鲹leptin-a由20个氨基酸组成的信号肽和141氨基酸组成的成熟肽,推导出的蛋白质分子量为17.9kDa。对卵形鲳鰺leptin-a氨基酸序列与已知脊椎动物的氨基酸序列进行比对,结果表明,卵形鲳鰺leptin-a氨基酸序列与哺乳动物瘦素氨基酸序列及两栖动物瘦素氨基酸序列相比同源性很低(16.9%~18.5%),即使在硬骨鱼类中,卵形鲳鰺与不同科目的鱼类同源性也比较低(22.2%~54.9%),只有与同属鲈形目的鱼类同源性较高(76.4%~87.6%)。3.对卵形鲳鰺leptin-a基因单核苷酸多态性与实验群体的体重、体长、体高、尾柄长等生长性状关联分析:在150个实验个体中共发现10个SNP位点,其中内含子1 中有 5 个位点(C203T,G252A,C380G,G383C,G587A),外显子 2 中有 1 个位点(T775A),外显子3上有1个位点(G1239A),3’-UTR中含有3个位点(G1424A,T1653A,A1654T)。将多态性位点与10个生长性状进行关联分析,结果表明,T775A与体重(BWT),体高(BWH),体长(BL),全长(OL)显著相关,其中TT型个体各性状数据均低于其他基因型,与生长性状呈负相关。G1239A与体重(BWT),体高(BWH),全长(OL),头长(HL)显著相关,GA基因型个体与生长性状呈正相关。
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