我国行政主体理论不仅在理论上存在不足,在实践裁判中弊端也是愈发明显。在理论方面,我国行政主体理论以确定行政诉讼被告为中心,使得行政诉讼被告与行政主体出现概念混同。在司法实践中,司法机关基于不同的理由裁定非行政主体组织可以成为行政诉讼被告,存在同案不同判的情形。学者们对于行政诉讼被告与行政主体理论是否有必要进行分离以及在前者有必要的情况下,如何重构行政主体理论与行政诉讼被告认定规则的观点存在较大分歧。基于行政诉讼被告认定规则与行政主体理论无缝衔接的关系在理论、实践方面均存在消极影响,而且理论、实践都对二者关系均有了突破的迹象,因此二者实现脱钩分离具有必要性和可行性。二者实现分离后,在行政诉讼被告认定规则构建方面,结合整体政府改革、行政一体化的趋势,同时也要结合同为行政救济方式的行政复议体制改革方案,行政诉讼应当以同级政府为被告,因垂直管理部门、税务等实行以中央为主与地方政府双重领导的行政机关、国家安全机关行政管理行为引起的行政诉讼应以本级管理部门为被告,实现行政救济方式的协调。在我国行政主体模式构建方面,同样要考虑到行政一体化建设、整体政府改革趋势,在现有行政主体框架下引入行政执法主体的概念,行政执法主体用来描述目前实践中的行政主体,即行政机关和法律、法规、规章授权的组织。行政执法主体不强调独立性,并不会对整体政府的改革、行政一体化的实现产生消极影响。