红椿（Toona ciliata）是楝科（Meliaceae）香椿属（Toona）的落叶或半落叶乔木,作为珍贵的用材树种之一,同时也是我国重点保护野生濒危植物,其面临着生境破碎化,乱砍滥伐等导致的衰退现象,对于红椿天然种源的遗传保护是目前研究的重点。本研究通过分子标记及理论模型模拟两种手段对红椿分析我国天然分布区范围内的群体遗传变异。对于分子标记的研究,通过细胞核ITS标记与线粒体标记相结合的方式,从不同角度对红椿的遗传变异信息进行深入研究。根据筛选以及设计合成的ITS5a-ITS4标记引物与两对线粒体标记引物（26S-r RNA＿t RNA-Leu与cox1＿nad1）,对红椿29个群体进行研究,发现红椿群体整体表现出较高的遗传分化(其中mt DNA的Fst为0.854-0.914,ITS的Fst为0.615-0.766),且群体遗传分化系数Nst大于Gst的结果,结合距离隔离效应检验结果,证明红椿种群在地理分布范围内存在谱系地理结构。遗传多样性显示西南地区以云南保山BS群体为主的较高的遗传变异水平。用ITS序列聚类分析结果出现分为东西两个区域,而mt DNA序列分析显示出三个区域间存在距离隔离效应,其中两个出现在ITS序列划分西部区域,这可能与核质基因组遗传变异差异有关,包括遗传方式、突变率及遗传漂变。在迁移-漂变平衡假设下,进一步分析显示红椿群体的基因流表现出以花粉流为主且西部区域花粉流远高于东部区域的现象。中性测定显示ITS序列显著偏离中性假设（Tajima’s D=-1.973,P-value＜0.05）,多数群体有扩张趋势。部分位点期望杂合度与经纬度（负相关）、无霜期（正相关）、年均温（正相关）的显著相关关系,表现出西南地区经纬度较低且温度较高区域的期望杂合度可能更高的现象。错配分布分析显示出广西西林XL与安徽泾县JX发生群体扩张。各个群体的观测杂合度均表现出高于期望杂合度的结果,且瓶颈效应检测结果证实多数群体曾经历了瓶颈效应。理论模型和模拟分析了交配系统对基因扩散影响,结果发现自交或近交系统在一定程度上会阻碍细胞核质优势基因的扩散,异交系统有利于核质优势基因扩散。由于遗传搭乘效应,由自交或近交产生的连锁不平衡LD会使得其阻碍与优势核基因紧密连锁的中性基因的扩散,但这种影响受重组作用而逐渐被打破。理论结果预测红椿的以异交系统为主的混合交配系统有利于其种群扩散。综合研究结果,对于红椿天然种群的保护及遗传资源管理应注重西南地区遗传多样性丰富的区域,注意群体未来可能继续扩张,注意分布区温度等环境因素的影响,对于天然种源的保护及繁育,应注意避免与人工林混杂。