要深入和準確認識李贄的思想,其歸屬的學派和思想淵源是一個重要問題。李贄在哲學思想方面深受王龍溪、羅近溪等王學門人影響,更師從王心齋之子王東崖,其心學一脈的思想淵源十分明顯,因此一般來說都把他歸入王學左派。另外,李贄在晚年潛心佛道,最後甚至削髮爲僧,道家和佛家也是他的思想淵源中的重要部分。然而,近年來的一些學者,在李贄的思想淵源方面,開始提出儒道佛三教之外的另一種淵源,即認爲李贄還在一定程度上受到伊斯蘭教的影響,甚至有觀點認爲李贄實際上是一名伊斯蘭教徒。但是,從李贄留下的著作來看,並沒有任何提及伊斯蘭教的內容;從關於李贄的生平記載來看,也沒有任何信仰伊斯蘭教的言行。這使得李贄與伊斯蘭教是否存在確切關聯的問題,就像籠罩在一層迷霧之中。主張李贄與伊斯蘭教有確切關聯的學者,大體上有三個方面的依據。其一,李贄的家族祖先有人曾信仰伊斯蘭教;其二,李贄的潔癖和對自己的葬式安排可能與伊斯蘭教有關;其三,李贄的某些思想傾向可能來源於伊斯蘭教的影響。但是,通過對這些學者論著中提及的證據的考察,以及對現有的李贄思想和生平資料的分析,可以認爲以上三個方面的依據到目前爲止對於證明李贄與伊斯蘭教的關聯方面還缺乏可靠性。不管從哪個方面來看,都找不到李贄與伊斯蘭教存在確切關聯的證據。所以,目前認爲李贄與伊斯蘭教存在關聯的觀點,仍然只能作爲一種猜測。