河北部分地区患出血性肠炎鸡小肠中7种病毒的分子流行病学调查

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近年河北部分地区鸡群小肠黏膜出血病变渐增多。本研究对2019年1月-2020年12月河北部分地区有出血病变的小肠进行了细小病毒(Parvovirus,PV)、禽肾炎病毒(Avian nephritis virus,ANV)、鸡星状病毒(Chicken astrovirus,CAstV)、禽腺病毒(Fowl Adenovirus,FAdV)、轮状病毒(Rotavirus,RoV)、传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)和呼肠孤病毒(Reovirus,ReV)7 种病毒的流行病学调查;本结果可为我国鸡小肠黏膜出血的病因学研究提供理论参考。自河北部分地区采集151份有出血病变的鸡小肠,经RT-PCR/PCR方法分别检测了 PV、ANV、CAstV、FAdV、RoV、IBV 和 ReV,结果显示:RT-PCR/PCR 阳性样本共有95份,占62.91%(95/151);95份阳性样本中,单一病毒阳性率为65.3%(62/95),2 种、3 种和 4 种病毒阳性率分别为 28.4%(27/95)、5.3%(5/95)和 1.1%(1/95);其中 PV 检出率最高为 48.3%(73/151),ANV 为 22.5%(34/151),CAstV 为 15.2%(23/151),FAdV 为 2.7%(4/151),RoV 为 0.7%(1/151),在所测样品中均未检测到IBV和ReV。所测5种病毒在肉鸡和蛋鸡中的分布不同。4种病毒PV、ANV、CAstV和FAdV的检出率,肉鸡均高于蛋鸡,RoV仅在蛋鸡中检出。周龄由小到大,蛋鸡样品检出率依次为83.3%、59.2%和50.0%,表明幼龄蛋鸡样品的检出率较高;不同周龄样品中,5种检出病毒中均以PV检出率最高。获得 7 株 PV 全基因组序列,其中 ChPV/CK/CH/HB/17 株、ChPV/CK/CH/HB/31株、ChPV/CK/CH/HB/52 株、ChPV/CK/CH/HB/77 株、ChPV/CK/CH/HB/81 株、ChPV/CK/CH/HB/82株基因组序列长度均为4615 bp,含3个ORF;TuPV/CK/CH/HB/22株基因组序列长度为4642 bp,含有4个ORF。基于基因组序列和VP基因的系统发育分析结果显示,7株PV均属于ChPV亚型。NS基因分析结果显示,TuPV/CK/CH/HB/22株属于TuPV亚型,其余6株均属于ChPV亚型。重组分析结果表明,TuPV/CK/CH/HB/22株为重组毒株。线性B细胞表位预测结果显示,ChPV/CK/CH/HB/52株NS蛋白、VP蛋白分别存在4条和3条线性B细胞表位,NP蛋白无B细胞表位。系统发育分析结果显示,8株ANV ORF2基因序列全长在2022-2049 bp之间;与参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为57.5%~93.0%和54.9%~95.9%;分别属于ANV-4、ANV-5和ANV-6亚型。线性B细胞表位预测结果显示,ANV/CK/CH/HBBD/77株衣壳蛋白存在3条线性B细胞表位。系统发育分析结果显示,6株CAstV ORF2基因序列全长均为2232 bp;与参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为44.7%~87.2%和39.5%~94.9%;均属于Bii亚型。线性B细胞表位预测结果显示,CAstV/CK/CH/HBBD/52株衣壳蛋白存在5条线性B细胞表位。
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