随着国内经济发展,中小企业的运行方式更加灵活多变,我国公司双层股权结构的尝试运用也在徐徐展开。香港地区交易所、内地沪深交易所、北交所均已展开实践,为促进国内经济与中小企业发展,国内上市公司双层股权结构正在有序进行中。在公司自治与股东异质化的理论之下,上市公司双层股权结构已具有存在与发展的理论基础,但我国现阶段《公司法》中规定上市公司坚持“一股一权”原则,与双层股权结构的多倍表决权设置存在冲突,虽然我国具有国务院意见、经济特区条例等指导性文件与地方性法规,但《公司法》仍处于规范空白的状态。另外,双层股权结构下控制权的过度集中也隐藏着中小股东权益受侵害的风险。因此,优化公司治理、采取有效措施保护中小股东权益成为该股权模式适用下的重要议题。笔者通过明晰《公司法》之下双层股权结构的发展的理论基础、分析股权结构适用案例,讨论上市公司双层股权结构在《公司法》中日后的发展以及《证券法》之下的中小股东权益保护,以期对后续的实践,提出规制建议。