对高等院校的预算进行绩效评价，不仅是顺应国家宏观政策需求，也是提升高等院校预算管理水平的重要举措，具有一定理论意义和现实意义。通过现状来看，我国高校的预算绩效评价仍处于探索阶段，在许多方面还有待完善，尤其是缺乏科学的评价体系，需要进行深入研究。　　本文在对国内外高等院校预算绩效评价体系运行现状进行分析的基础上，指出国内高等院校预算绩效评价体系尚待完善之处。其次，在介绍高校预算绩效评价基本理论知识的基础上，引入平衡计分卡与主要评价指标，并据此设计出对高等院校预算进行绩效评价的模型。再次，通过结合CS学院具体情况和自身特点，从多种维度出发，选出二十个主要评价指标，采用层次分析以及专家打分的方法对这些指标赋予相应权重，再采用社会以及历史标准对CS学院的预算绩效评价体系进行了评估，进而揭示出学院预算的绩效评价体系中的不完善之处。最后，针对相关问题，从提高对预算绩效重视、树立正确绩效观念、建立科学合理的预算绩效考评制度以及加强对非财务预算绩效的重视等方面提出了对策建议。