《民办教育促进法》规定我国民办高校的领导体制为“董事会领导下的校长负责制”。但是在现实办学过程中，一些学校投资人与院校长之间的种种矛盾和冲突干扰了学校的正常办学和发展。鉴于民办高校的类公司治理结构特性，本文主要借用公司治理结构的理论特别是其中的委托代理理论来分析我国民办高校的治理结构及其委托代理关系，对民办高校的权力配置情况与相关治理要素进行解读，剖析影响民办高校委托代理关系的因素，并对民办高校治理结构的构建提出一些建议。　　 民办高校的投资者为学校提供了办学资本，做出了相应的制度安排，委托一定层级的代理人按设定的目标管理学校，委托代理关系就随之成立。在民办高校的委托代理链条上，第一层级的委托代理关系即是民办高校的投资者充当着委托人的角色，而学校的院校长便是代理人。委托人与代理人之间办学理念的认同度、双方关系的和谐度、委托人的基本素养、董事会制度、代理人“职业化”发展的水平、权力的膨胀与相互制约、家族关系在学校管理中的控制程度等因素都会影响到委托代理关系的建立。因此，我们需要从外部和内部两个维度来推动民办高校建立合理的治理结构。外部主要依托政府的立法建设与监管力度，内部需要从董事会制度的完善、委托人的自我超越、代理人的角色转换与“职业化”发展、监督约束机制的构建等方面来加强民办高校治理结构的建设。