从2007年7月1日《中华人民共和国农民专业合作社法》开始实施至今,已经过了两年多。两年多来,各地农民专业合作社如雨后春笋般出现,在农资供应、农产产品生产、加工和营销方面起到了重要作用。但是,各地合作社的发展情况有很大差别。在东部发达地区,合作社的治理机制正在日趋完善；在西部欠发达地区,合作社正处于起步阶段,治理机制还没有被充分重视。因此,研究西部欠发达地区的合作社治理机制问题,寻找影响这些地方的合作社绩效的关键因素,并建议相关单位在进行合作社指导工作处理好这些因素,对于这些地方合作社的发展,具有重要的意义。本文在对合作社治理机制与绩效研究进行文献综述的基础上,指出了完善农民专业合作社治理机制与绩效评价指标体系的必要性和迫切性。在对四川省八市十三县227家农民专业合作社调研的基础上,采用了描述性统计方法、案例分析法、五点量表法等方法描述了四川省农民专业合作社发展概况、治理机制现状和绩效现状。然后,依据经典合作社理论和公司治理理论,采用有序Probit模型分析法,选用了股权结构、决策机制、经营管理机制、利益分配机制、内部监督机制和外部环境影响等六个一级治理机制评价指标和股东持股量等十六个二级治理机制评价指标,经济绩效和社会绩效两个一级绩效评价指标、近两年平均产值等六个二级绩效评价指标,分析了农民专业合作社的治理机制与绩效的关系。通过有序probit模型分析得到的结果如下：(1)较高的股权集中度在当前可促进合作社绩效的提高；(2)降低会员入社限制和适当提高退社限制可提高合作社绩效；(3)为成员提供生产资料和产品销售服务,可促进合作社绩效的提高；(4)不同成员享有的权利差别越大,合作社绩效越好；(5)竞争者制约了合作社经济绩效的提高；(6)依托组织和主管单位促进合作社提高社会绩效。主要研究结论：①合作社绩效与其治理机制密切相关；②内部机制和外部机制共同形成影响合作社发展；③合作社治理机制亟待规范。论文从合作社内部建设和政府指导合作社建设两方面提出了完善四川省农民专业合作社治理机制的建议：在内部建设方面,着重设计并实施合理的进入和退出机制、利益分配机制,并加强在产业各环节的服务能力建设,使得合作社成长成为具备竞争能力的市场主体。在政府指导合作社方面,应当提高合作社相关单位工作人员的业务水平,加强合作社登记管理和监督管理,从源头上规范合作社,并增强对合作社的指导和支持,不断提高其带动产业发展的能力。