《公益诉讼解释》经最高人民法院、最高人民检察院2018年颁布,后于2020年修订,标志着我国行政公益诉讼制度在实施与完善方面迈出的重要一步,但是行政公益诉讼制度在证明责任方面仍然是一个悬而未决的问题。证明责任分配堪称诉讼程序的核心部分,设计出科学合理、各方权利义务均衡的责任分配对行政公益诉讼的良好发展至关重要。总体来说,目前行政公益诉讼制度举证责任问题主要存在于学理、制度和实践三个层面上。首先在学理上,行政公益诉讼制度的举证责任分配原则在学界中尚未有统一的答案;行政公益诉讼与行政诉讼性质的归属也有分歧。其次,在法规范层面,相关主体举证规则不明,缺乏专门对行政公益诉讼举证责任规定的法律文件;现有法律规范较为混乱,对受损害的国家利益和社会公共利益证明标准规定不同;对行政机关、第三人相关规定不足等均是制约行政公益诉讼发展的重要问题。最后,在司法实践中,检察机关调查取证权并没有得到准确的落实,检察机关搜集证据能力明显短缺;检察机关在相关环境案件中并没有足够人力、物力、财力应对大规模的鉴定评估。基于上述总结的问题,行政公益诉讼中的证明责任部分可以从以下几方面予以完善:首先,在行政公益诉讼证明责任原则上,宜采用“谁主张谁举证”的证明责任原则,在行政机关不作为时做例外处理,并对诉前程序中检察机关的证明责任予以明确。其次,在法规范层面上,可以采用指导案例、司法解释,甚至制定单行法的形式对未明确事项予以规定;舍弃“初步证明材料”的表述,明确检察机关应当以社会公益受到侵害的“证明材料”作为证明标准,同时根据第三人立场不同,将第三人的举证地位以支持检察机关、支持行政机关以及客观中立为标准分为三类。最后,在实践中具体操作上,赋予检察机关“公诉人”地位的强制调查取证权,引入并健全专家辅助人制度,减轻调查取证的困难,促进检察机关职权有效发挥。