本文利用传统的平板培养法和Biolog ECO微平板法对罗非鱼养殖系统中微生物群落的细菌数量和代谢特征进行了调查,分析了其与环境因子之间的关系,并从养殖系统的优势菌中筛选了降解有机物能力强的潜在益生菌,旨在为罗非鱼的健康养殖管理提供有益的指导。研究的主要结果如下：1罗非鱼养殖系统中微生物群落的生态研究调查了2009年5月至10月期间广州市番禺区新一代渔业有限公司沙北养殖场的4口罗非鱼养殖池塘(编号分别为1#、2#、3#、4#)水体和底泥微生物群落总体平均数的动态变化情况。结果显示,罗非鱼养殖过程中水体微生物群落的细菌数量和碳源代谢特征的波动较底泥大,且受投入的抑菌药物的影响也较明显。微生物群落功能多样性在6月份时显著降低,主要与L-精氨酸、甘氨酸-L-谷氨酸、D,L-α-磷酸甘油、2-羟基苯甲酸和腐胺这五种碳源利用菌群在6月份时的减少有关。底泥微生物群落的细菌数量和碳源代谢特征在整个养殖过程中均维持着比较稳定的状态,受抑菌药物的影响较小。从对31种碳源的利用特征来看,水体和底泥微生物群落结构存在着明显的共性。利用Pearson相关系数分析法分析了2009年5月至10月份期间罗非鱼养殖池塘水体和底泥微生物指标分别与水体和底泥环境因子指标之间的相关关系。结果显示,水体微生物群落与水体环境因子之间的相关性较底泥明显。水体异养细菌总数与pH和总有机碳呈显著的负相关关系；芽孢杆菌数目与硅酸盐呈显著的正相关关系,与总磷呈显著的负相关关系；微生物群落代谢活性、功能多样性以及对糖类及其衍生物、脂肪酸和脂类、代谢中间产物和次生代谢物碳源的利用都与水体中的磷酸盐含量呈显著负相关；微生物群落对代谢中间产物和次生代谢物的利用与总磷呈显著负相关；微生物群落功能多样性以及对代谢中间产物和次生代谢物的利用与水体中亚硝态氮的含量呈显著的正相关关系。底泥各微生物指标和底泥中总氮、总磷、硫化物和有机质的含量之间均无显著相关性。于2009年11月份即罗非鱼养殖末期对1#、3#、4#池塘水体、底泥和肠道微生物群落的细菌数量和代谢特征进行了调查和比较。结果显示,三个池塘中水体和肠道微生物群落代谢特征较为相似,1#池塘水体和肠道微生物群落的碳源代谢能力显著低于3#和4#池塘；底泥微生物群落碳源代谢特征在三个池塘之间的差异性不大。2罗非鱼养殖系统中潜在有益菌的筛选从罗非鱼养殖系统分离出来的优势菌中筛到了15株酶产生菌株,其中10株具有较高的蛋白酶活力,分别为D30、D45、D50、D51、D53、D7、D11、D18、D21和D55；9株具有较高的淀粉酶活力,分别为D17、D11、D38、D41、D45、D47、D51、D52和D55。其中D51和D53的蛋白酶活力最强,其最高酶活力均>70.0U/mL,D51和D52的淀粉酶活力最强,其最高酶活力分别可达267.86U/mL和190.52U/mL,Dl]、D45、D51和D55既具有较高的蛋白酶活力又具有较高的淀粉酶活力。将此15株菌经分子生物学鉴定,初步认定菌株D50、D11、D18、D21和D17属于Bacillus sp.;菌株D45、D51、D52、D41、D47和D53属于Exiguobacterium sp.;菌株D55属于Aeromonas sp；菌株D30属于Agrobacteriumsp.；菌株D38属于Arthrobacter sp.;菌株D7属于Pseudomonas sp. o选取D11、D45、D51、D55、D52和D53这6株菌进行有机物降解菌株的筛选,结果显示,此6株菌对饲料浸出液中的有机物降解效果明显,对饲料培养基上清液中的有机物降解显著,且能对底部的饲料沉积物颗粒进行降解。