三七（Panax notoginseng（Burk.）F.H.Chen）为五加科人参属植物,为我国中药材大品种,目前已基本实现规范化和规模化种植。随着中药现代化和市场需求的增加,人工种植三七越来越多,但容易受各种病害的影响,三七根腐病的危害尤为严重。环境微生物是植物的第二基因组,微生物的组成与植物的健康息息相关。目前关于三七根腐病微生物群落的研究很多,但多采用16S、18S和ITS等扩增子测序,该方法缺点是不能获得环境中全部微生物的信息。为探明健康和患病三七根际土壤和根内微生物群落结构和功能的差异,本研究用宏基因组学方法对不同地区健康和患病三七根际土壤和根内微生物进行了系统全面的研究,阐明三七根腐病与根际土壤和根内微生物之间的关系,同时通过实验验证根腐病的潜在致病菌并筛选出三七根腐病的潜在拮抗菌。本论文主要研究结论如下:（1）通过数据分析,发现三七根际土壤比根内微生物的群落更具多样性。红假单胞菌属（Rhodopseudomonas）、游动放线菌属（Actinoplanes）、伯克氏菌属（Burkholderia）和争论贪食菌（Variovorax paradoxus）有助于三七抵御根腐病致病菌。Ilyonectria mors-panacis、荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）和Pseudopyrenochaeta lycopersici可能是三七根腐病的病原菌。（2）功能注释结果显示,根际土壤中氨基酸转运和代谢相关基因的上调有助于三七抵抗病原菌。ABC转运（ABC transporter）家族和调节抗性基因（Gene modulating resistance）家族相关基因可以提高三七的抗病性,糖基转移酶（GTs）和糖苷水解酶（GHs）家族数量的增加可能是三七根腐病在分子水平的表现。（3）基于宏基因组数据分箱结果,对分箱结果进行评估和综合分析,筛选出高质量bins,最后共筛选出54个完整度为95%的高质量bins。基于分箱结果还获得两个未知黄杆菌科物种和一个未知拟杆菌门物种的完整基因组。（4）通过实验验证潜在的三七根腐病的致病菌,结果显示Ilyonectria mors-panacis和荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）是三七根腐病的致病菌,并且与已知致病菌尖孢镰刀菌和茄腐镰刀菌进行了致病力的比较,发现Ilyonectria mors-panacis的致病力要高于尖孢镰刀菌和茄腐镰刀菌,荧光假单胞菌的致病力介于尖孢镰刀菌和茄腐镰刀菌之间。（5）在分离出的根内微生物中筛选拮抗菌,用尖孢镰刀菌和茄腐镰刀菌为对照,筛选出两株对尖孢镰刀菌和茄腐镰刀菌都具有明显抑制作用的拮抗菌。本研究揭示了三七根际土壤和根内微生物群落的结构和功能多样性,为更好地理解三七根腐病和根际与根内微生物的关系提供了理论基础,同时也为开发相关三七根腐病的生物防治剂提供了理论支撑。