目前,新疆畜牧业尚处于传统以户为单位经营方式占主导地位的发展阶段,分散化经营成为畜牧业现代化发展的瓶颈。畜牧业专业合作社是在畜牧业生产经营方式亟待转型的形势下,为实现其现代化发展而形成的新型经营主体。现实中合作社经营模式呈多元化发展,但不同合作社经营模式的经济效益差距较大。对新疆畜牧业专业合作社经营模式的比较研究,有利于明确不同经营模式的特征差异及综合绩效水平差别,为未来新疆畜牧业专业合作社发展过程中选择优先发展与重点推广的经营模式提供理论依据。本研究运用经济学理论并结合实地调研案例对新疆现有的主要畜牧业专业合作社经营模式进行了深入阐述与对比分析。在对合作社经营模式内涵进行界定的基础上,以是否形成规模化经营为依据将合作社经营类型分为生产型和服务型,生产型又包括草畜联营经营模式、全托管经营模式和半托管经营模式。从运作方式、产权关系、决策主体、收益与风险等方面,分析四种具体经营模式的特征差异。此外,从定量的角度运用层次分析法对四种经营模式进行综合绩效评价,得出其综合绩效水平差异。结合定性对比分析与定量综合绩效评价结果对新疆畜牧业专业合作社经营模式做出选择。研究结果表明：第一,四种合作社经营模式的差异性主要体现在收益水平、风险水平、组织建设、合作性质与社会影响等方面；第二,新疆畜牧业专业合作社经营模式综合绩效水平从高到低依次为：草畜联营经营模式、全托管经营模式、传统服务型经营模式、半托管经营模式,其中草畜联营模式和全托管模式综合绩效水平明显高于后两者,说明集中经营比分散经营体现出明显的高效率；第三,具有资本合作性质的全托管经营模式综合绩效水平明显高于半托管经营模式和传统服务型经营模式,体现出资本带动型在发展中具有一定优势,说明现阶段新疆畜牧业专业合作社的经营模式必然选择股权结构非均衡,剩余索取权和控制权倾向资本的经营模式；第四,新疆畜牧业专业合作社经营模式依然是多元化发展,但未来发展趋势牧区以草畜联营经营模式为主,农区以全托管经营模式为主传统服务型经营模式为辅。