组蛋白乙酰化酶(HAT)和去乙酰化酶(HDAC)是十分重要的翻译后修饰酶，两种酶合作调控基因的转录与蛋白的表达。其中HDAC与多种人类重大疑难疾病密切相关，包括癌症、心脏疾病、神经退行性疾病和自身免疫性疾病等。HDAC家族包含四类，共18个成员，其中11个依赖锌离子的亚型具有相同的酶解作用机制，但生物功能却迥异，表明这些亚型在细胞内很可能具有不同的信号通路及相应底物。所以如何在分子水平上识别它们各自的生物学功能成为新药开发及临床治疗研究者们亟待解决的问题。　　本篇论文选择Ⅰ类HDAC成员HDAC8作为研究对象，提供了两种探究HDAC亚型的生物功能的方法。　　方法一根据“模拟过渡态设计抑制剂”理论，设计出靶向于HDAC8的小分子探针，作为研究其互作蛋白的化学生物学工具。目前HDAC8动态酶解过程的信息尚不完全。本文通过克隆表达纯化得到具有活性的HDAC8并与小分子进行共晶，拟获得成熟的HDAC8-配体共晶条件并应用于过渡态分子，结合计算得到较精确的酶解全过程，指导小分子探针的合成。　　方法二为通过HDAC8选择性抑制剂人为提高其底物蛋白乙酰化程度，通过特异性乙酰化肽段抗体及精准度较高的质谱获得潜在HDAC8乙酰化底物蛋白信息。拟在建立此方法后通过同位素标记法获得可信的候选HDAC8底物蛋白并进一步验证。