伴随我国飞速的城镇化进程,各地公共基础设施建设投资规模逐年增加,覆盖范围持续扩大,政府为主导的基础设施投融资体制也同样迎来了重大变革,不断增长的公共基建需求与财政收入增速逐渐放缓的矛盾愈加突出,在政府的预算收入与支出具有走向失衡趋势的背景下,地方公共基建快速发展所需的资金缺口成为政府财政的主要问题。自2015年新《预算法》的正式实施到2020年国家在十四五规划中明确提出要提高专项债券的发行质量,国家对专项债券在不断的提出新要求。本文从专项债券的整体现状开始入手,发现专项债券目前的发行程序得到了明显规范,发行后出现政府兜底的现象也相对减少,但是我国目前对于专项债券的监督审查工作从审查时间范围、审查方式、审查具体内容等均缺乏明确的标准,专项债券在不同节点的风险并没有得到有效的识别并预防。在此基础上,本文探讨使用跟踪审计作为专项债券项目的审计方式,作为顺应国家推行绩效审计而产生的一种重要政府投资项目审计方式,跟踪审计能有效的基于项目生命周期理论对专项债券项目进行监督评价,在不同时期采用不同形式的跟踪审计也完美匹配了专项债券项目的特征属性。鉴于专项债券项目目前采用跟踪审计的案例资料较少,现从一般类的政府投资项目的跟踪审计入手,参考具体的使用方法,同时分析专项债券当今的发展趋势与所存在主要问题,正确认知适宜专项债券项目的审计监督方式。以S省A高校教育类专项债券发行使用管理情况为例,通过对项目发行的投资建设情况、发行主体的财务状况、资金使用者的收支状况等逐一分析,点出该项目所存在的各种风险,然后对项目在不同阶段使用不同的跟踪审计方式,分析梳理各个阶段的跟踪审计要点,包括审计方法、重点审计内容、审计方式、审计作用等,最后结合拟对A项目采用的跟踪审计方式,对我国专项债券项目的跟踪审计提出建议,对专项债券的从发行前后的程序进行规范,完善专项债券的管理使用方式,保障专项债券不会引发地方政府债务风险。