弧菌在自然环境中分布广泛，生境多样且与养殖动物病害爆发和人类健康关系密切。弧菌基因组内16S rRNA基因存在多重拷贝，且拷贝之间有异质性。弧菌16S rRNA基因的多重拷贝及异质性可能与生态环境适应性有关。本研究以弧菌的核心群—哈维弧菌群的27株菌为研究对象，首先用16S rDNA、pyrH、rpoA和recA等基因对其进行了准确鉴定。从系统发育分析结果来看，这27株菌分别属于V. alginolyticus，V.harveyi，V. campbellii这3个种。然后，利用绝对定量和相对定量两种方法对这些弧菌基因组内16S rRNA基因拷贝数进行了测定。结果表明，用荧光定量PCR确定的V. harveyi ATCC BAA-1116拷贝数为11，与rrNDB数据库中结果一致；模式菌株V. harveyi ATCC14126T，V. alginolyticus ATCC17749T和V. campbellii ATCC25920T的拷贝数分别为9、11和9；3个种种内菌株的拷贝数均存在波动，V. harveyi种内拷贝数9-13个，V. alginolyticus种内拷贝数10-13个，而V. campbellii种内拷贝数9-12个。最后，构建了V.alginolyticus ATCC17749T的16S-ITS rDNA克隆文库对其异质性进行研究。通过对该菌ITS序列的比对，发现该菌有11种ITS序列，对16S-ITS序列进行Msp I或Hha I酶切后也可将其划分为11个OTU，表明该菌拷贝数确实为11，与荧光定量结果一致。代表性克隆测序后比对发现16S rDNA序列差异不超过1%，差异主要集中于V3可变区，只有一条序列在V7区有差异，这在二级结构上属于茎环结构，可能与其对高盐等环境的适应性有关。ITS序列无论在长度和相似性上都有差异，但是功能上可能比较保守。