延药睡莲（Nymphaea nouchali Burm.f.）,隶属于睡莲科（Nymphaeaceae）睡莲属（Nymphaea L.）,是海南原产的珍稀水生花卉,具有重要的观赏、生态价值及一定的药用和食用价值。作为我国睡莲属植物仅有的5个原生种之一,延药睡莲也是开展睡莲新品种培育的重要材料。海南岛是我国延药睡莲最重要的原产地,但由于生境破坏和人为干扰,延药睡莲的自然分布范围逐渐减小,已趋于濒危灭绝状态,亟待对海南岛野生延药睡莲种质资源进行调查研究,并加强遗传多样性的分析,这对于延药睡莲种质资源保护具有重要意义,也为进一步开展种质资源创新利用奠定了基础。本研究在文献和标本查阅的基础上,对海南岛野生延药睡莲种质资源进行了实地调查,并基于ISSR分子标记技术对调查到的其中6个延药睡莲种群进行遗传多样性分析,以明确海南岛延药睡莲种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系,以便为资源的保护提供参考依据。主要研究结果如下:（1）延药睡莲在海南岛主要有7个自然分布点,分别是海口白水塘、那央村、文选村,昌江雪古丽共享牧场,三亚甘什岭省级自然保护区,万宁多德村和乐东球港村;各分布点野生植株数量及生长势不一,其中三亚甘什岭分布点延药睡莲的生长状况较好,乐东球港村分布点的植株数量最多。延药睡莲主要生长于水深0.2m～1.6m的静态水体中,对水质和水位等生活环境的要求较高,极易因环境因素的干扰而导致种群规模减少乃至消失。此外,调查显示延药睡莲的自然分布点大多处于未保护状态,受外来生物入侵和人为因素干扰严重,野生数量稀少,已处于濒危状态,亟待保护。（2）多态性分析结果显示:28份延药睡莲供试材料,10条引物共检测到93个位点,其中多态性位点79个,多态性条带百分比为84.95%;在甘什岭、球港村、多德村、那央村4个野生种群中多态位点百分率在22.58%～64.52%,其中多态位点百分率最高的是三亚甘什岭,最低的是乐东球港村。（3）遗传多样性分析结果显示:物种水平基因多样性指数H为0.2461,香农信息指数I为0.3825;4个供试材料大于3的野生种群中等位基因数Na在1.2258～1.6237之间,有效等位基因数Ne在1.1282～1.4098,种群水平平均值是1.2374,基因多样性指数H在0.0768～0.2310,Shannon′s信息指数I在0.1159～0.3408;4个野生种群变异水平由高到低分别是甘什岭、那央村、多德村、球港村,其中甘什岭的遗传多样性最高,球港村遗传多样性最低。（4）遗传分化和遗传结构结果显示:总基因多样数Ht为0.2594,种群内基因多样数Hs为0.0909;基因分化系数Gst为0.6496,基因流Nm为0.2697,说明海南岛延药睡莲的遗传变异主要来自于种群之间,物种总体的遗传变异水平低。（5）遗传一致度和聚类分析结果显示:延药睡莲6个种群间的遗传一致度在0.6318～0.9226,遗传一致度平均为0.78026;遗传距离在0.0805～0.4592,其平均为0.2536。聚类分析将6个种群分为三类,种群间遗传距离和地理距离之间没有显著相关性。（6）海南岛延药睡莲濒危原因和保护建议研究显示延药睡莲的濒危原因包括内因和外因两大因素。外因主要包括凤眼蓝和福寿螺等外来入侵生物的危害,以及人为干扰和季节干旱等气候环境因素。内因则表现为延药睡莲遗传变异水平低,种群间的基因交流受阻,可能存在遗传漂变、自交生殖等,从而降低了物种进化潜力,种群规模很可能进一步下降。对延药睡莲种质资源的保护应采取就地保护、迁地保护和遗传多样性保护相结合的途径进行。就地保护是对种群规模较大、生长情况良好,尤其是遗传多样性丰富度较高的分布点（如三亚甘什岭）,加强野生植株及生境的就地保护,严禁人为破坏,减少环境因子的干扰,使其自然种群能正常繁衍。在就地保护的基础上进行迁地保护,加强不同种群野生资源的收集,并探讨种苗繁育技术,对人工培育得到的种苗选择与现有种群生境条件相似的地点进行野化回归种植,建立回归种群,实现自然种群的恢复。同时实行种群更新、恢复、扩繁及野生种质资源交流,保持植物遗传多样性以及提高其遗传多样性。