分析《周易》文化与中医学的关系，需要从科学文化学的大背景上去理解。《周易》阴阳文化是传统文化的一个重要组成部分，阴阳思维模式已经深深地嵌入中华民族的思维结构之中，对中国古代的文化、科技、社会等领域产生了深远的影响。中国传统医学作为中国传统科学的四大领域之一，也深受阴阳文化的浸染，其中蕴含着深厚的阴阳文化观念、心理情感和思维模式；另一方面，中医学本身的阴阳理论的建构也同时建构了中国传统的阴阳文化，成为中国文化中不可分割的有机组成部分。阴阳文化使中医学与传统文化具有内在的关联，这种关联典型反映在《周易》与《黄帝内经》的阴阳文化同构性上。本文把《周易》和《内经》的阴阳文化作为研究对象，通过比较二者的产生背景、理论建构目的、体系建构方法以及二者所体现出的思维观念，揭示出二者在阴阳文化上的同构性，并进一步指出这种同构性是在历史的过程中经过人们不断的相互诠释和理解所形成的。在中国近代化、现代化的进程中，中医的合法化问题始终是一个人们关注的焦点，问题的本质实际上是现代化与民族化、文化多元化的关系问题，本文的研究也许能给人们理解这些问题提供一些有益的启示。