农林复合经营作为减少水土流失、增加生物多样性、提高土地利用率和提高农民收益的最有效的措施和途径之一,在全世界被广泛的应用。农林复合系统具有较强的地域性,不同地区的农林复合系统有着明显的差别。为了提出伊犁地区适宜的间作物种组合,本文以伊宁县苹果‖大豆（AS）、杏李‖大豆（PS）、大豆单作（MS）、苹果单作（MA）和杏李单作（MP）系统为研究对象,探索果‖豆系统对果树和农作物的系统产量、土壤水分、土壤养分的影响,定量分析了不同间作系统中细根、土壤水分和土壤养分的动态变化,量化了果农间作系统对土地、水和氮素的利用情况,并对系统中根系与土壤资源之间的关系进行更进一步的分析,旨在为该地区农林复合物种的组合提供重要的基础理论和决策依据。研究结果表明:1.果树‖间作提高了系统间的根系分布,间作苹果的细根在距树50 cm处的聚集程度＞间作杏李,且间作苹果的细根主要分布在20–60 cm的土层中,而间作杏李的细根主要分布在0–40 cm的土层中,相比较而言,间作苹果的细根分布较深,可以降低物种之间的竞争,更具有空间结构的优势。2.间作模式中土壤含水量变化波动较大的区域主要集中在浅层土壤且在果树与大豆根系重叠区域。AS和PS处理下水分当量比表现为WURAS=1.56＞WURPS=1.48＞1,两种间作种植模式均能提高果园水分利用率,且苹果‖大豆系统在水分利用方面更具有优势。3.间作模式中土壤硝态氮含量变化波动较大的区域主要集中在浅层土壤且在果树与大豆根系重叠区域。AS和PS处理下氮素生产率当量比表现为NPERAS=1.96＞NPERPS=1.86＞1,两种间作模式的氮素生产率当量比均＞1,两种间作种植模式均能提高果园氮素生产率,且苹果‖大豆系统在氮素利用方面更具有优势。4.相关性分析和线性回归分析表明,MA和AS处理中,细根分布易受到SWC、SNC、HD和ST的影响,而对比单作和间作苹果,MP和PS中细根不易受土壤资源的影响。5.果树‖大豆使大豆全生育期株高和叶面积提高,茎粗降低。杏李‖大豆提高了大豆叶片的氮素含量,苹果‖大豆提高了大豆果实的氮素含量,间作降低了果树和大豆的产量,但LERAS=1.45＞LERPS=1.36＞1,在产量方面苹果‖大豆更具有生产优势。因此,本研究认为,在伊宁县苹果‖大豆种植模式比杏李‖大豆模式具有更大的生产优势,具有较高的推广应用价值。