当下的农业生产深受市场经济影响,家庭承包作为农村最为普遍的土地承包方式却在一定程度上制约农民增收,继而影响农民积极性,削弱农产品在市场上的竞争力,农户抵御市场风险的能力同时降低。随着城市化进程的加速,大量农村人口进入城市务工,农村土地抛荒现象普遍,土地或被闲置或被流转,双层经营体制难以满足实践中农地流转规模越来越大、土地承包经营权与土地经营权实际分离的现状。2014年至2020年的中央一号文件支持所有权、承包权、经营权三权分置,提出要坚持农村基本经营制度,推进土地经营权有序流转,创新土地流转方式;要创新农业生产经营体制,发展多种形式的适度规模经营。农地权利“三权分置”改革的新尝试是创新农村土地经营权入股流转模式。2015年,农业部首次在贵州盘州、山东青州等地区推行以土地经营权入股来发展农业产业化经营,在摸索过程中,一批农民专业合作社产生并且逐步发展起来。农民专业合作社为合作社成员如农民进行农业生产经营提供更专业的服务,可提高农民的生产力,扩大农产品市场份额,带动农民增收。虽然相关法律已为土地经营权入股农民专业合作社提供了规范依据,顺应了实践中以土地经营权入股农民专业合作社的流转方式,推动了农业产业化、集约化经营的发展,有助于实现农民增收、乡村振兴、粮食安全的目标。但我国农民专业合作社起步晚,发展不规范,其制度设计不完善、运行机制不健全等特点将影响土地经营权入股农民专业合作社这一土地经营权流转模式能否在更大范围推广、更深层次创新与推进。因此,本文从土地经营权的生成路径、性质入手,探讨土地经营权入股农民专业合作社的设立机制、程序机制、运行机制。本文由四个部分构成。论文第一部分主要阐释关于土地经营权入股农民专业合作社的法理依据,分析土地经营权的生成路径,得出“土地经营权是在土地承包经营权上设定的一种权利,可以用‘用益物权——次级用益物权’的权利架构来构建二者之间的关系”这一结论;第二部分从入股的主体、客体、对象三方面分析土地经营权入股农民专业合作社的设立机制,土地经营权主体是具有农业资质或生产能力的任何主体,入股客体是设立了土地经营权的农村土地,入股对象是具有法人性质的合作社;第三部分则分析土地经营权入股合作社的程序机制,为保障土地经营权人的利益,维护交易安全,土地经营权入股的需要签订土地经营权入股合同,并通过土地经营权流转登记制度对农地权利状态予以公示;第四部分论述土地经营权入股合作社的运行机制,包括以土地经营权出资及出资后的作价评估,土地经营权人入股合作社后的盈余分配、参与合作社治理、退社等一系列运行规则;最后的结语部分是对前文论述和笔者观点的总结,“三权分置”下的土地经营权入股旨在保障承包户的土地承包经营权的同时放活土地经营权。土地经营权人入股后所得收益不仅体现为财产性收益,更承担着农村土地社会保障的替代功能。但由于法律法规的相关规定存在滞后性,土地经营权入股合作社配套制度不健全,在入股合作社的过程中存在风险,未来的制度设计需考虑健全相关配套制度。