法氏囊是各种病原微生物的靶器官,一些免疫性疾病常使其受损甚至发生萎缩,从而引起免疫抑制,因此对免疫器官的研究是为了更好地了解其免疫状态和机制,为我们的育种工作提供更好的条件。本实验以旧院黑鸡作为实验对象,利用转录组测序技术探索蛋鸡法氏囊的发育分子机制,从中筛选出了影响法氏囊生长和萎缩的主要差异基因,并对差异基因进行了验证;以期阐述差异基因在法氏囊发育及萎缩的整个过程中的调控作用,获得的主要结果如下:(1)通过组织学实验分别得到7、42、90、120日龄的法氏囊组织切片,在显微镜下观察显示在7日龄和42日龄时的法氏囊皮髓部界限清晰,细胞排列紧密并充满淋巴细胞,90日龄、120日龄观察到法氏囊淋巴细胞开始稀疏并消失,髓质部的网状细胞逐渐退化,呈现细胞纤维化。表明法氏囊的生长呈现随日龄增长在不断成熟后逐渐萎缩最后消失的过程;(2)通过转录组测序,12个法氏囊组织样本平均每个文库获得高质量测序数据Q30>90%,法氏囊7日龄、42日龄、90日龄和120日龄分别得到20,386,250、20,953,999、20,306,163和20,581,551个reads;测序结果的reads数与家鸡祖先红色原鸡基因组(galGal4)序列进行比对uniquely mapping也均大于90%;说明本研究测序所得数据质量较高,能充分满足后期的分析要求;(3)根据表达量发现,7日龄与42日龄比较,发现5628个差异基因(Fold change>1,P<0.05),上调差异基因3549个,下调基因2079个;42日龄与90日龄比较,发现593个差异基因(Fold change>1,P<0.05),其中上调基因有291个,下调基因有312个;90日龄与120日龄比较,共发现327个差异基因(Fold change>1,P<0.05),其中上调基因131个,下调基因196个;(4)根据GO功能分析结果发现,从7-120日龄,分别主要聚集在胞外区、细胞核、并与免疫应答、细胞增殖、细胞凋亡相关,主要是一些炎症因子和凋亡因子。根据KEGG信号通路分析,主要富集在细胞黏连、细胞吞噬、细胞凋亡的信号通路中,通过对GO和KEGG的综合分析,筛选出9个差异表达基因(SPP1、BICR2、CTNNB1、BMF、SELE、TUBB3、TUBA8、TUBA3E和LMNB2),提示这些基因可能是调控法氏囊生长及萎缩的主要基因;(5)利用qRT-PCR验证了9个差异表达基因在法氏囊生长发育过程中的表达情况,实验结果与转录组的结果基因一致,说明研究结果可以反映法氏囊在生长发育过程中的表达情况;(6)通过免疫荧光实验对筛选的部分差异基因进行蛋白水平验证,对筛选的TUBB3和LMNB2两个基因进行了免疫荧光实验,结果与转录组的结果基因一致,说明TUBB3和LMNB2基因可以翻译成蛋白;综上,法氏囊的生长呈现随日龄增长在不断成熟后逐渐萎缩最后消失的过程,并从转录组层面筛选了鸡法氏囊的基因表达差异(SPP1、BIRC2、CTNNB1、BMF、SELE、TUBB3、TUBA8、TUBA3E、LMNB2基因),这几个基因反应了法氏囊在不同时间断生长发育的特性。为了研究法氏囊生长发育奠定了基础,同时也为以后更好的研究法氏囊的功能奠定了基础,从而为我们的育种工作提供更好的条件。