新疆狂犬病病毒流行病学调查及基因组和N-G蛋白预测分析

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本研究以新疆阿勒泰地区疑似狂犬病的3份羊脑组织与温宿、察布查尔县、吉木乃县、哈巴河县四个地区各兽医站送检49份犬脑组织为实验材料,以直接免疫荧光检测(DFA)、RT-PCR扩增狂犬病病毒(RV)特异性目的基因(N基因)和XJALT-2012-1毒株全基因组序列测定进行病毒检测。以DNAStar-Lasergene.v7.1软件拼接所测定的序列,应用BLAST软件分析N基因的遗传进化关系。结果显示本研究检测结果为狂犬病毒阳性且获得了该XJALT-2012-1毒株全基因序列。新疆XJALT-2012-1毒株基因组序列全长11923bp,与GenBank公布的其它RV基因组构成基本一致。全基因组主要结构蛋白的编码顺序及大小为:3’-N(1353bp)-P(894bp)-M(609bp)-G(1575bp)-L(6387bp)-5’。在结构蛋白基因之间的间隔区大小各为N-P为2bp、P-M为5bp、M-G为5bp、G-L为423bp。通过XJALT-2012-1毒株的5个基因遗传进化树、5个基因及其氨基酸序列的变异频率图和5个氨基酸序列的疏水性分析。表明该XJALT-2012-1毒株与狂犬病病毒基因Ⅰ型俄罗斯C群的遗传关系最近,属于同一进化分支。应用分子生物信息学软件BioEdit对XJALT-2012-1毒株的核(N)蛋白与糖(G)蛋白氨基酸序列B细胞抗原表位的优势区域预测。结果表明:羊RV的G蛋白氨基酸第200、203、204变异位点与狂犬病病毒的毒力相关;核(N)蛋白氨基酸序列的430-437与糖(G)蛋白序列的130-138、191-201、505-520区域及其附近最有可能是B淋巴细胞抗原表位的优势区域。明确了新疆狂犬病的流行地域分布,为狂犬病毒分子流行病学研究奠定了基础。
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