冠心病患者外周血单核细胞中的竞争性内源RNA网络的构建

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wenwenan
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目的:构建和分析冠心病患者外周血单核细胞中环状RNA组成的竞争性内源RNA网络。方法:从GEO数据集GSE115733、GSE105449、GSE166780中分别识别差异表达的circ RNA、mi RNA、m RNA。基于mi Randa软件和targetscan软件分别预测circ RNA-mi RNA互作关系和mi RNA-m RNA互作关系。根据ce RNA假说,选择m RNA-up/mi RNA-down/circ RNA-up及m RNA-down/mi RNA-up/circ RNA-down的三联关系,使用cytoscape软件绘制网络图。对互作网络中的m RNA进行GO功能分析、KEGG通路分析,最后借助STRING数据库和cytoscape软件蛋白质互作分析,寻找其中的枢纽基因。结果:从GSE115733中按照P-value<0.05筛选出13591个差异表达的circ RNA,其中6011个高表达,7580个低表达。总共有12888个不同的circ RNA-mi RNA-m RNA互作关系被预测出来,包含61种circ RNA、25种mi RNA、872种m RNA。选取其中6个差异倍数绝对值最大的circ RNA及其对应的11个mi RNA、95个|log FC≥5|m RNA用作绘图展示。以ce RNA网络中的m RNA构建的完整蛋白质互作网络包含449个基因节点和736条互作关系。最后筛选出的枢纽基因为TNF、CCL20、CXCL2、CCL2、IL1A、CCL5、CSF3、CCL3L3、MAPK3、MAPK1、RAC1、MAP2K1。结论:本研究挖掘了冠心病患者外周血单核细胞中新颖的circ RNA-mi RNA-m RNA互作网络。该网络中的circ RNA包括hsa_circ_0069996、hsa_circ_0053283、hsa_circ_0067734等61种,mi RNA包括hsa-mi R-142-3p、hsa-mi R-376c-5p、hsa-mi R-376a-3p等25种,m RNA包括CSF3、TNF、CCL20等872种。这些互作关系中,hsa_circ_0069094/hsa-mi R-200a-3p/CSF3调控轴可能在单核细胞介导的动脉粥样硬化过程中具有较重要的意义。
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