黑麦1RS特异保守序列克隆及1BL.1RS易位系中反转座子LTR的表达研究

来源 :四川农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:cyh_sh
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小麦(Triticum aestivum L.,AABBDD)是我国仅次于水稻的第二大粮食作物,也是世界上重要的粮食作物之一。携带1BL.1RS易位染色体的小麦品种(系)由于具有高产抗病的特性而在全世界大量推广种植。然而,由于1RS来源单一,人们考虑最多的问题是如何拓宽1BL.1RS易位系的遗传多样性。目前开发的1RS特异分子标记为1BL.1RS在小麦育种中的应用研究提供了方便,但对于众多已公布的1RS特异分子标记,其通用性及标记扩增的序列特征还缺乏细致的研究。此外,小麦基因组中含大量反转录转座子序列且具有一定的生物学功能。目前对1BL.1RS易位品种(系)中的反转录转座子序列的表达情况缺乏研究。因此,本实验选取9个在我国具有代表性的1BL.1RS易位或1RS.7DL,7DS.1BL易位品种(系)以及本课题组培育的9个姊妹1BL.1RS易位系为材料,考察了142对已公布的1RS特异引物的通用性,对部分产物进行了克隆测序,同时研究了姊妹1BL.1RS易位系中反转录转座子的LTR(长末端重复序列)的表达情况。本实验首先采用原位杂交的方法对小麦品种进行细胞学鉴定分析,再通过PCR分子标记技术筛选1RS特异标记,然后将这些1RS特异保守序列进行克隆测序分析,最后对姊妹1BL.1RS易位系中反转座子LTR的表达情况进行了初步分析,得到如下创新性的研究结果:1.对实验所用材料进行细胞学鉴定,确定所用的7个小麦品种(系)以及9个姊妹系材料均为1BL.1RS易位系,此外,还有鲁麦11和济南16两个小麦品种(系)为1RS.7DL、7DS.1BL易位系,其余7个对照材料均为不含黑麦染色质成分的纯系小麦。2.通过PCR扩增,对所报道的142对1RS特异引物进行筛选,只有27对引物能从本实验所用的7个1BL.1RS易位系和2个1RS.7DL、7DS.1BL易位系中扩增出1RS特异条带,而对照组中的CS, MY11, CN27, CM107, J1025, R345, R297没有扩增出条带。这27对特异引物分别是:TSM39, TSM81, TSM86, TSM92, TSM103, TSM109, TSM111, TSM123, TSM264, TSM294, TSM303, TSM306, TSM391, TSM460, TSM634, TSM642, TSM716, Top1017, Sec-1, Bmac0213,STSWE126, P6M12-P, ora003, ora004, ora007, ora011,ora012。3.从27对1RS特异引物中,随机选取15对引物的PCR产物进行克隆测序,结果表明,9对引物(ora004, ora007, ora011, ora012, P6M12-P, Top1017, TSM103, TSM109,TSM111)从7个1BL.1RS易位和2个1RS.7DL易位品种(系)中扩增得到的序列完全一致;引物Bmac0213从7个1BL.1RS易位和2个1RS.7DL易位品种(系)扩增出4条不同的序列;引物TSM294扩增出来三种不同的序列;引物ora003、TSM39和TSM123扩增出来了两种不同的序列;而引物TSM264则从7个1BL.1RS易位和2个1RS.7DL易位品种(系)中扩增出13条不同的序列。其中引物TSM39和Bmac0213扩增的序列长度也不相同,而引物TSM294、 ora003、TSM123、TSM264扩增的序列长度相同,核苷酸序列不同。这一结果表明,用基于PCR的分子标记进行遗传多样性分析时,仅凭条带大小进行判断是不准确的。4.根据Tyl-copia类反转录转座子19个家族的LTR序列保守区域设计了21对引物,以9个姊妹1BL.1RS易位系和亲本绵阳11的cDNA为模板,进行了PCR分析,结果表明,6对引物扩增出的片段大小与预计的片段大小一致。其中5对引物在10份材料中都扩增出了产物,而引物TREP228在其中1个易位系14T-80-1中没扩增出产物。将引物Angela-3和TREP228扩增出的序列进行克隆测序,序列比对分析表明这些序列与数据库中的LTR保守区相似性都在90%以上,表明引物TREP228所扩增得到的序列应该属于反转座子LTR序列,说明这些反转座子LTR在1BL.1RS易位系中具有转录活性,并且在不同的姊妹易位系中,LTR表达存在差异。5.本研究结果提供了9对通用且保守的1RS特异引物,为1RS多态性的调查提供了基础。此外,为进一步研究反转录转座子在1BL.1RS易位系中的表达及其功能研究提供了一定的理论基础。
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