A研究院是1999年国家科研体制改革时转制为企业的一类经济主体,转制后的科研机构一方面承担国家重要战略任务,进行科研工作;另一方面按照现代企业管理标准进行生产经营活动,靠自身力量谋求生存和发展,战略目标发生变化。转制为企业的科研单位战略目标发生了转变,其内部控制也要随着战略规划的变化动态调整以适应企业发展目标。而已有研究主要聚焦于纯粹的公司制企业内部控制或高新技术企业研发项目内部控制的相关研究,对转制为企业型研究机构的研究很少,尤其是企业型研究机构自主研发项目的内部控制研究更少。因此,有必要对此类现象进行深入研究。本文选择的A研究院是在国家科研体制改革中由科研事业单位转制为科技型企业的典型代表。本文主要通过文献研究、调查问卷、制度对标等方法,梳理了A研究院自主研发项目管理现状,并分析其在研发项目立项、过程管理、验收、成果保护与开发、项目评估各阶段内部控制情况,发现A研究院在自主研发项目各阶段的内部控制中存在问题的主要原因:管理人员风险意识薄弱、内控制度设计流程有漏洞、内部信息化手段滞后等。进而针对各阶段的问题提出切实可行的改进建议,如在立项阶段建立关联专家回避制度,在过程管理阶段加强对经费执行情况管控、重视对研发质量监控,在验收阶段建立完整的成果验收制度、明确评审专家选择标准,在成果开发与保护阶段制定能落地的激励政策、建立项目档案管理制度,在评估阶段建立研发项目全面评估体系、加强对评估人员的培训等,希望能对A研究院提升研发效率、降低研发风险、提高核心竞争力有所帮助,同时对于优化企业型研究机构研发项目内部控制体系建设、促进企业型研究机构高质量发展有一定的现实指导意义。