本文首先对进行学院制研究的缘起进行了分析，并对有关概念进行了界定；随后对学院制的形成和发展历史进行了回顾，对我国大学学院制现状进行了全面的分析，提出了我国大学学院制的管理体制和运行机制有关理论；结合华中农业大学学院制建设的情况进行了实证分析研究。大学学院制起源于欧洲大学，对欧洲大学的发展起到了独特的作用，学院制成为了世界大学的普遍管理模式；我国大学学院制经过几起几落，在20世纪90年代再度兴起，成为我国大学内部的管理体制之一，这是高等教育管理体制改革的需要，是大学规模不断扩大的需要，也是建立和谐大学的需要。我国大学学院制经过近20年的发展建设，取得了显著的成绩，学院制为大学学科的发展提供了契机；但学院制运作的过程中缺乏科学的管理体制和运行机制，这些问题在相当程度上影响了实施学院制的效果。本研究从高等教育学、管理学等角度，针对大学内部组织结构的特点，对我国大学学院制有关理论的构建进行了论述，认为学院制的管理体制理论应该包括学院制的组织结构、学院制下的责权分配以及相互关系等问题；运行机制理论则应包括目标管理与绩效考核机制、责权相称运行机制和监督约束机制等，要形成这些机制必须建立目标管理与考核和经费总额动态包干等制度；通过对学院制管理体制和运行机制的理论分析，提出了学院制建设的轴承理论。最后，对华中农业大学学院制建设的情况进行了分析，提出了该校深化学院制改革的思路和措施。