应用微阵列比较基因组杂交研究白念珠菌耐受氧化应激的机制

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白念珠菌是威胁人类健康和生命的重要致病真菌,宿主主要通过吞噬细胞的呼吸爆发产生活性氧物质杀伤白念珠菌,白念珠菌对氧化损伤的耐受可以导致其免疫逃逸,进一步促进感染的形成。因此深入研究白念的氧化应激机制意义重大。目的:本课题的研究对象是对氧化应激耐受性存在显著差异的临床白念珠菌,通过考察这些白念珠菌的基因组特征,寻找氧化应激耐受性形成的关键基因组区域和关键基因,力图从基因组水平阐述白念珠菌氧化应激耐受性的形成机制,为深入研究白念珠菌氧化应激机制提供新思路和线索。方法:本研究第一部分,以过氧化氢模拟氧化应激环境,从临床白念珠菌菌库中筛选获对氧化应激耐受性存在差异的白念珠菌,通过初筛及多种实验方法确证,获取芯片杂交实验菌株。第二部分,我们通过制备白念珠菌全基因组寡核苷酸芯片,应用微阵列比较基因组杂交技术,考察了白念珠菌的基因组特征。通过实时定量PCR对芯片杂交结果进行验证。应用聚类分析,对芯片杂交结果进行聚类。通过Cluster-Miner软件对得到的基因拷贝数变化信息进行染色体定位。运用SAM统计学分析,筛选与白念珠菌耐受氧化应激密切相关的基因。通过检索念珠菌基因组数据库对得到的各项结果进行分析总结。结果:通过初筛,发现临床白念珠菌存在氧化应激耐受力的差异,通过各种方法的确证最终获得了芯片杂交的实验对象,3株过氧化氢耐受菌和3株过氧化氢敏感菌。芯片杂交聚类结果显示,对氧化应激耐受性不同的白念珠菌分别属于不同的聚类,从而确信了白念珠菌对氧化应激的耐受性具有一定的基因组特征。通过SAM筛选获得122个差异基因,其中多个线粒体相关基因在耐受过氧化氢菌株中高拷贝。白念珠菌生长状态实验结果,没有看到生长状态与氧化应激间的关系。通过对得到的基因拷贝数变化信息进行染色体定位,初步确定了两个差异片段,一个位于白念珠菌4号染色体,一个位于白念珠菌R染色体。实时定量PCR验证结果显示,4号染色体上的差异片段有两个相邻基因同时缺失。结论:通过微阵列比较基因组杂交,得到了白念珠菌的基因拷贝数变化的信息,并将这些信息与白念珠菌耐受氧化应激的性状联系了起来。本课题的研究初步得到以下结论:临床白念珠菌不同个体间存在耐受氧化应激能力上的差异。白念珠菌的基因组水平存在基因拷贝数的变异。白念珠菌的反转录转座子Tca4的完全缺失很可能与白念珠菌耐受氧化应激密切相关白念耐受氧化应激具有一定的基因组特征,研究发现的差异基因和差异片段为阐明白念的氧化应激机制提供了线索和思路。
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