近些年来,中国农业发展进入新阶段,但同时农业发展所面临的资源环境“硬约束”也随之加剧,如农业面源污染日益严峻等。在此背景下,传统的全要素生产率已无法准确衡量农业的生产效率,需要更加关注资源环境约束下的农业绿色全要素生产率。本文基于2008-2017年长江经济带成渝城市群、长江中游城市群、长江三角洲城市群三大城市群共52个城市的面板数据,对农业面源污染时序特征和结构特征进行分析,运用BAM模型和Luenberger生产率指数模型揭示了三大城市群城市农业生产全要素无效率值和农业绿色全要素生产率变化,并将农业绿色全要素生产率进行要素分解和根源分解。进一步针对农业面源污染,运用LPI-LMDI模型将农业面源污染排放（TN、TP、COD）的变化分解为个体效应、效率效应、效益效应和规模效应之和,探讨了不同时间段各效应对农业面源污染排放变化的贡献度。研究结果表明:（1）长江经济带三大城市群农业面源污染物（TN、TP、COD）排放量总体呈现上升趋势,长江三角洲城市群农业面源污染排放总量和增长速度远低于其他两个城市群;从农业面源污染排放结构上看,农业固体废弃物是农业面源污染最主要的来源,占污染排放总量90%以上;（2）成渝城市群、长江中游城市群、长江三角洲城市群农业生产无效率均值分别为0.40、0.44、0.31,其中,农作物播种面积、农业从业人员数、农业机械总动力、化肥施用量是导致农业生产无效率的重要因素,长江中游城市群TN、TP、COD的无效率均值达到0.06、0.04、0.06,农业面源污染治理亟需改进;（3）2008-2017年,长江三角洲城市群和成渝城市群的农业绿色全要素生产率总体呈现增长趋势（增长率分别为2.65%、1.96%）,长江中游城市群全要素生产率略有下降（-0.04%）。从要素分解上看,长江三角洲城市群、成渝城市群、长江中游城市群的农业面源污染对增长率的贡献分别为0.91%、0.70%、-0.06%,政府应当加强对长江中游城市群农业面源污染的治理;从根源分解上看,三大城市群农业绿色全要素生产率增长主要是由纯技术进步驱动,技术效率（包括纯技术效率和规模技术效率）长期制约农业绿色全要素生产率的提高,规模技术进步对成渝城市群和长江三角洲城市群全要素生产率起正面影响,对长江中游城市群起负面影响;（4）效益效应是三大城市群农业面源污染增加的最主要影响因素;效率效应是成渝城市群和长江三角洲城市群农业面源污染减排的主导因素,但对长江中游城市群污染排放起促进作用;规模效应和个体效应整体影响相对不显著。基于以上分析结果,本文提出三条建议:（1）加强农业科技创新推广,技术进步和技术效率提高共举;（2）加快落实环境保护政策,加强农业面源污染治理;（3）培育新型农业经营主体,推进农业适度规模经营。