目前仍有不少军队中小医院实行绩效考核，这种管理制度随着实施时间的推移，在国家卫生医疗政策的改革、社会上拜金主义抬头的大背景下，逐渐显现出其局限性和滞后性，已经开始制约医院竞争力提高和医院发展的需求，甚至在许多方面对医院的经营管理造成负面影响。从其实施的现状来看，主要存在以下不足：
　　 一是认识上有误区。由于军队中小医院是部队医院，人事方面有其特殊性，管理决策层都是现役军人，有些机关干部是从其他部队单位调过来，或是由专业卫生技术人员改行，长期接触到的是部队封闭式管理和条令条例，对目前较为先进的管理方法了解不多或不深。加之，由于转业、工作调动等原因导致机关人员流动性大，少数机关工作人员抱有临时思想，没有深入思考医院发展所面临的新形势和新环境，还是习惯靠经验主义去抓管理。
　　 二是考核指标与医院战略存在脱节。虽然军队中小医院每年都会要求自下而上开展年中和年终总结，分析医院发展中存在的问题，也会根据上级的指示精神结合医院的实际，制订未来的发展战略。但由于现行的考核指标中很难与战略目标形成密切关联度，对医院战略的实施不能起到太大的推动作用，使得各种战略仅仅停留在领导决策层，在科室中执行的力度不大，束之高阁，从而影响医院战略的彻底执行。有时为了推动某项决策，又临时出台考核指标，有很明显的“运动式”的做法，过了这阵风，就基本消无声息，难以坚持多久，也很难取得明显成效。但是由于这些举措并未纳入到绩效工资考核制度内，所以有的思想素质较差的工作人员对医院的为兵服务的宗旨漠不关心，对医院的要求置若罔闻，有时还会发生对待军免伤病员态度不冷不热，服务不优质的事情。另外，一些军队中小医院领导层面一直想提高医院的科研水平，每年都会在次年的工作目标中浓墨重彩的提出来，但是由于此项工作未列在考核指标中，重业务轻科研的倾向难以扭转过来，科研氛围一直不是太浓，科研水平徘徊不前，与其规模不太相符。
　　 三是指标设置不科学。军队中小医院目前的绩效考核制度目的是想调动大家积极性从而促进医院的发展。但由于考核指标设立的不科学，从而导致了部分科室出于自身某种利益需要，挖空心思在这些指标上做文章，导致发生了让人匪夷所思的事情。比如，有的医院对医疗业务工作量前几名的科室在年终时会给予物质重奖以示激励，并且会在年终评功评功时予以重点保障。结果，个别科室当年的医疗收入位居前列，但如果实际扣除各种成本后，它可能是入不敷出，赔本赚吆喝。这种情况就会给其他科室造成重量不重质的误导，都会跟随风盲目扩大科室规模，从而提高本科室在医院的地位和份量。
　　 四是考核导向有偏差。由于该绩效工资考核指标体系中，财务指标和业务指标对科室经济效益影响巨大，引导的方向是经济利益至上，所以在拜金主义的影响下，极个别科室和医护人员在利益面前，对医德医风的操守把持不好，一定程度上增加了过度医疗现象的发生频率，地方病人的人均医疗费用不断攀升加重了病人负担，部分患者对此颇有微词，直接引起患者满意度下降和医疗纠纷数量的上升，特别是影响了军队医院服务人民的良好形象。军队中小医院也意识到了这个问题，一般会对病历病案、药品和耗材使用等情况进行抽查，会对其中一些较为典型的事例进行严厉的处罚，但由于缺少制度的长期监督，使得个别人员仍会抱有侥幸心理。特别是如果医院因其他工作转移工作重点，这种不良行为又会有所抬头。
　　 五是考核方法简单。由于现在的考评体系属于“事后评价”的管理方法，着眼于上级对下级的控制。负责绩效考评的机关部门在日常工作中没有给予科室和医务人员及时的工作指导与反馈，没有发挥科主任、护士长等中层领导在绩效考评中的能动作用，为完成绩效考评任务而考评，无法发挥绩效考评指标的导向作用，而且考核结果多以处罚的方式应用，往往造成所属科室和工作人员应付、消极甚至抵触的行为，不仅对管理水平的提高起不到促进作用，还损害了知识型员工的自尊心和积极性，容易产生内部矛盾，从而使医务人员对绩效评估结果产生抵触情绪，严重影响管理效益。
　　 所以，军队中小医院要想更好的适应形势发展变化，必须更新观念，改革现有管理制度，主要措施有：
　　 一是培养一支高素质的机关干部队伍。要针对干部流动性大的特点，出台相应的培训制度，要通过外请专家来院授课、选派优秀机关干部外出学习、典型案例分析等办法，更新他们的观念，拓展视野，改善知识结构，努力提高机关干部的医院管理能力，让他们充分认识到新时期军队医院管理的特点与规律，养成自觉运用现代医院管理理论指导和开展工作的习惯。
　　 二是建立一套切合实际的绩效管理制度。随着管理科学的发展，目前有诸如目标管理、KPI（关键业绩指标）考核、平衡计分卡等管理理论和工具。上述理论各有优长和缺陷，军队中小医院必须结合自身实际，对这些管理工具进行有机整合，充分利用军卫自动化处理平台，开发设计一套适合军队中小医院的绩效管理系统，并根据不同的发展阶段，妥善处理好军事效益、社会效益、经济效益等之间的关系，科学设置各种考核指标和权重，为医院科学发展提供制度保障。
　　 三是培育一种独具特色的军营管理文化。要着眼军队医院人员构成及工作性质的特点，通过严格执行绩效管理中的绩效计划、绩效辅导、绩效评估、绩效反馈和绩效改进整个环节， 形成“以能力取才、以业绩评才” 的用人导向和“尊重生命，呵护健康”价值取向，在日常工作中潜移默化向员工灌输医院的价值观、愿景和战略目标，激励全体工作人员为达成医院“平时保健康，战时保打赢”的战略目标而努力。