植物生长需要良好的根,所以根环境也和地上部环境一样重要。温室作物生长在深度浅、体积小的环境,所以基质的选择至关重要。基质的功能是植物的支撑、有效水分、养分库及气体交换（O₂及CO₂）。没有一种基质可以适用于每一种作物。理想基质的特性:每批次皆稳定、容易取得、便宜、高CEC、多孔性、足够有效水、可再湿、质轻、无草籽、低盐度、无害物、高腐植化。重要的物理性有体积、容重、质地、构造等,重要的化学性有酸碱值（pH）、阳离子交换容量（CEC）、导电度（EC）及养分浓度。重要的生物性有病原菌、抗病性、固氮性。基质虽然常强调需没有病原菌,甚至常强调泥炭、珍珠石、蛭石、发泡炼石、岩棉等不含病原菌及几乎无菌,然而,种植作物依养分管理方法不同,有些养分施到基质中还是需要经过基质中微生物的转化,且微生物过于单纯的环境一旦有病原菌入侵,则抵抗性不足,因此必须考虑整个管理系统。