‘黄花梨’2个CYP707A基因的克隆和序列分析

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  摘要[目的]探讨脱落酸(Abscisic acid,简称ABA)分解途径关键酶基因(CYP707A)的特性,以期为揭示ABA调控梨花芽休眠进程的分子机制奠定基础。[方法]根据已公布的梨基因组数据库,通过本地blast的方法获得梨基因组CYP707A序列,运用DNAMAN软件设计引物,获得‘黄花梨’的2个脱落酸8’羟化酶基因的CDS序列,分别命名为PpCYP707A4(Genbank登录号:KP279630 )和PpCYP707A5(Genbank登录号:KP279631 ),并利用在线分析平台和生物软件进行生物信息学分析。[结果]PpCYP707A4的CDS序列全长分别为1 431 bp,编码476个氨基酸;PpCYP707A5的CDS序列全长为1 425 bp,编码474个氨基酸,两者同源性94.27%,氨基酸相似性94.96%,两者与苹果的2个基因在系统发育树上分别独自聚为一小支。[ 结论]PpCYP707A4和PpCYP707A5为同属于梨PpCYP707A家族2个相似度较高的基因,它们可能发源于苹果和梨的共同祖先。
  关键词梨; 休眠;CYP707A; 克隆; 序列分析
  中图分类号S188文献标识码A文章编号0517-6611(2015)06-078-04
  ‘黄花梨’是我国南方主栽的一个砂梨品种,属于蔷薇科(Rosaceae)梨属植物(Pyrus L.),具有良好的风味、丰富的营养,是优良栽培品种之一,栽培范围遍布我国长江流域以南地区,在福建省广受人们的喜爱,福建建宁县更有“黄花梨之乡”的美称。‘黄花梨’具有落叶果树共有的特性,其花芽在冬季会经历休眠,并需要足够的低温积累量才能解除休眠,廖光升[1]认为‘黄花梨’在建宁栽植时花芽休眠期在11月~次年3月份,并需5 ℃以下低温750 h才能打破自然休眠。如能缩短‘黄花梨’休眠期,将有利于该优良品种的向南推广,但梨休眠生理机制仍很不清楚阻碍了短低温梨育种,不利于扩大梨生长种植南限。因而研究梨花芽休眠的分子机制,阐明梨花芽休眠进程,对于短低温梨育种和早熟梨品种在我国南方推广栽培,促进南方梨产业发展具有重大意义。
  脱落酸(Abscisic acid,简称ABA)是植物生长调节剂之一,可以在多种组织中活跃地运转,其作用贯穿于从种子萌发到生殖发育的植物生命周期,介导多种生理过程[2]。研究表明ABA是花芽休眠的促进物和萌发的抑制物,其含量与GA3含量的比例变化对花芽休眠的进程有重要影响[3]。ABA分解途径上关键调控酶ABA 8’-羟化酶的编码基因被证实为CYP707A,对ABA的含量变化有重要作用[4-6]。CYP707A蛋白结构、基本性质等是研究ABA调控梨花芽休眠进程分子机制的重要内容。笔者从‘黄花梨’克隆到2个CYP707A基因,分析CDS序列,探讨生物学信息特征,为进一步分离酶蛋白和研究其功能、活性及阐明CYP707A在‘黄花梨’花芽休眠过程中的调控模式提供理论基础。
  1材料与方法
  1.1试验材料‘黄花梨’花芽采自福建省建宁县,选取长势健壮梨树作为采样母株。样品取回后,挑取饱满的芽体,去芽鳞片和绒毛,挑取花芽,经液氮速冻于-80 ℃冰箱贮藏。试验在福建农林大学园艺学院,于2014年1~7月进行。
  1.2 主要仪器冷冻离心机(eppendorf 5810R)、PCR仪(BIORAD T100TM Thermal Cycler)、 水平电泳槽(DYCP31DN型)、电泳仪(DYY10C)、凝胶成像仪(BIORAD Universal HoodⅡ)、振荡器(IKA MS 3 B S25)、紫外分光光度计(Quawell q5000,USA)。
  1.3总RNA提取和cDNA合成液氮研磨花芽后用Biospin多糖多酚植物总RNA提取试剂盒(博日科技有限公司,中国杭州)提纯RNA,并用紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳检测RNA质量。选用TransScript One-Step gDNA Removal and cDNA Synthesis SuperMix反转录试剂盒(北京全式金有限公司,中国北京)合成‘黄花梨’cDNA,-20 ℃保存备用。
  1.4基因克隆以NCBI数据库下载已登录的蔷薇科CYP707A基因序列作为参考,通过Bioedit软件(版本号:v7.0.9)的blast功能从梨基因组CDS数据库(Pear Genome Project网站http://peargenome.njau.edu.cn:8004/)获得同源序列;将同源序列返回到NCBI网站在线blast验证;而后以梨基因组CDS数据库得到的2条序列为参照,设计引物。PCR反应体系25 μl(模板1 μl,10 μmol/μl上游引物1 μl,10 μmol/μl下游引物1 μl,10 mmol/L dNTP mixture 1 μl,10×ExTaq Buffer 2.5 μl,5 U/μl EXTaq 0.15 μl,ddH2O 1835 μl),目的基因扩增引物见表1。以‘黄花梨’花芽总RNA逆转录成的cDNA为模板进行PCR扩增。反应程序:94 ℃预热5 min;94 ℃变性45 s,48~55 ℃退火45 s,72 ℃延伸1.5 min;共35个循环,最后72 ℃延伸10 min;4 ℃保存。凝胶电泳检测PCR扩增产物(图1),并切下1 400 bp左右的目的条带,经胶回收(EasyPure Quick Gel Extraction Kit,北京全式金有限公司,中国北京)纯化,连接到PMD18T(Takara,中国大连)上,后转化到DH5α大肠杆菌感受态细胞中,在AMP培养基培养大肠杆菌,将菌液PCR鉴定的阳性克隆送至英潍捷基贸易有限公司(中国上海)测序。
  2 结果与分析
  2.1 ‘黄花梨’CYP707A基因的克隆从‘黄花梨’花芽上克隆得到2个CYP707A基因序列,通过DNAMAN比对,发现两者之间的相似性高达94.27%(图2),氨基酸相似性94.96%。为此,从梨基因组数据库找到2个基因的内含子和外显子基因组序列进行比对,结果显示其相似性为69.95%,说明这2个CYP707A基因为相似性较高的不同基因。将克隆到的‘黄花梨’CYP707A 基因分别定名为PpCYP707A4(Genbank登录号:KP279630)、PpCYP707A5(Genbank登录号:KP279631)。   PpCYP707A4的CDS序列全长为1 431 bp,编码476个氨基酸;其氨基酸序列与苹果(Malus domestica XP_008346457.1)相似性97%,与碧桃(Prunus persica XP_007210577.1)相似性90%,与梅(Prunus mume XP_008245093.1)相似性87%,与草莓(Fragaria vesca subsp. Vesca XP_004300683.1)相似性83%,与甜橙(Citrus sinensis NP_001275876.1)相似性84%。
  安徽农业科学2015年PpCYP707A5的CDS序列全长为1 425 bp,编码474个氨基酸;其氨基酸序列与苹果(Malus domestica XP_008382035.1)相似性 97%,与碧桃(Prunus persica XP_007210577.1)相似性89%,与梅(Prunus mume XP_008245093.1)相似性86%,与草莓(Fragaria vesca subsp. Vesca XP_004300683.1)相似性84%,与甜橙(Citrus sinensis NP_001275876.1)相似性85%。
  在线blastp分析,2个PpCYP707As基因均具有1个保守结构域,为PLN02196(图3),属于P450超基因家族。以PpCYP707A4和PpCYP707A5的氨基酸序列作为参考,从NCBI数据库上blast其他物种的CYP707A氨基酸序列,构建系统发育树。仅苹果blast到2个基因(XP_008346457.1、XP_008382035.1),其他物种均只blast到1个基因。系统发育树分析显示(图4),蔷薇科植物的CYP707A基因聚为一大支,PpCYP707A4与苹果XP_008346457.1基因,PpCYP707A5与苹果XP_008382035.1基因单独聚类。
  注:a.‘黄花梨’总RNA; b.PpCYP707A4 PCR扩增; c.PpCYP707A5 PCR扩增。
  图1电泳图谱图22个PpCYP707As的核苷酸序列比对注:a. PpCYP707A4蛋白的保守结构域; PpCYP707A5蛋白的保守结构域。
  图3蛋白保守结构域图42个PpCY707As系统进化树2.2蛋白性质预测采用ExPASy ProtParam、TMpred、SignalP 4.1预测蛋白性质和Prot预测亚细胞定位,结果显示,PpCYP707A4蛋白的理论分子质量为54.4 kDa,理论等电点为9.01,不稳定系数为48.48,属于不稳定蛋白,分子式可写为C2493H3901N645O679S20,原子数7 338,带负电荷(Asp + Glu)氨基酸50,带正电荷(Arg + Lys)氨基酸59,脂溶系数为9239,GRAVY为-0.100,是亲水性蛋白;在6~23位点含有一个由内向外的跨膜螺旋结构,8~26位点有一个由外向内的跨膜螺旋结构;不含信号肽,为非分泌蛋白;并定位在内质网,概率为0.820。
  PpCYP707A5蛋白的理论分子质量为54.1 kDa,理论等电点为9.03,不稳定系数为47.78,属于不稳定蛋白,分子式可写为C2481H3874N640O673S21,原子数7 689,带负电荷(Asp + Glu)氨基酸49,带正电荷(Arg + Lys)氨基酸59,脂溶系数为91.96,GRAVY为-0.089,是亲水性蛋白。在6~23位点含有一个由内向外的跨膜螺旋结构,8~27位点有一个由外向内的跨膜螺旋结构。与PpCYP707A4蛋白相同,也不含信号肽,为非分泌蛋白;定位在内质网,概率为0.820。
  2.3蛋白结构预测采用Npsa-pbil、NetPhos 2.0 Server在线工具预测蛋白质二级结构、磷酸化位点。PpCYP707A4有243个氨基酸残基形成α-螺旋,32个形成β-螺旋,78个形成延伸链和132个形成无规则卷曲;有12个丝氨酸(serine,S)残基、7个苏氨酸残基(threonine,T),2个酪氨酸(tyrosine,Y)参与磷酸化过程。PpCYP707A5有226个氨基酸残基形成α-螺旋,27个形成β-螺旋,81个形成延伸链和140个形成无规则卷曲;有13个丝氨酸(serine,S)残基、6个苏氨酸残基(threonine,T),3个酪氨酸(tyrosine,Y)参与磷酸化过程。Swiss-model预测蛋白三级结构,结果显示PpCYP707A4、PpCYP707A5蛋白的QMEAN4值分别为-5.67、-4.79,三级结构存在较大差异(图5)。
  注:a. PpCYP707A4蛋白三级结构; b. PpCYP707A5蛋白三级结构。
  图5预测的2个PpCYP707A蛋白三级结构3 讨论
  休眠的长短决定落叶果树的地理分布,是落叶果树的重要性状之一[7]。我国梨的种质资源大体分为北方品种群和南方品种群,北方品种群的特点为抗寒力较强、休眠期较长,南方品种群表现出早熟、休眠期短等优势[8]。‘黄花梨’在福建省建宁县能够正常开花结果,产量较大,而在纬度较低的福建省上杭县其萌芽不整齐的现象明显,休眠期的长短对于‘黄花梨’的产量和栽培具有重要的制约作用,休眠影响梨品种的选育和梨产业的发展,研究梨的休眠意义重大。对桃[3]、大樱桃[9-10]、欧洲甜樱桃[11]、葡萄[12]、牡丹[13]等的研究表明ABA的含量变化是影响木本植物芽休眠进程的重要因素。从分子水平探讨ABA调控梨花芽休眠进程的分子机制,将有利于构建梨休眠的调控网络,从而有助于梨品种的选育。
  该研究从‘黄花梨’上分离到ABA分解途径关键酶基因PpCYP707A4和PpCYP707A5,采用生物信息学方法分析其核苷酸序列、氨基酸序列,构建相关系统发育树并预测蛋白结构。分析结果显示,PpCYP707A4与PpCYP707A5核苷酸序列和氨基酸序列相似度较高,为94.27%和94.96%,两者蛋白理化性质相近,符合家族基因的特点。系统进化树显示,‘黄花梨’的PpCYP707A4和PpCYP707A5与苹果的2个基因(XP_008346457.1、XP_008382035.1)分别单独聚类,而非PpCYP707A4和PpCYP707A5独自聚类。对苹果[14]、大豆[15]、剑兰[16]的研究结果也显示CYP707A家族基因在系统发育树并未单独聚为一类而是分散到几类中。梨基因组数据发表后,Wu等[17]认为蔷薇科的染色体是由祖先7个染色体发展形成的,梨和苹果基因组之间具有高共线性。该研究克隆的2个基因很可能产生于梨和苹果的共同祖先,而后遗传给梨和苹果。CYP707A是一个多基因家族,它们在不同组织中的转录模式不同[2],以功能交迭的方式参与环境胁迫应答[4,18-19]、休眠解除[20]等不同的生理反应过程,共同调控植物体内源ABA的分解。因而,需进一步研究该基因家族各基因的特性,研究它们的生物学功能,为开展‘黄花梨’花芽休眠的研究提供信息,为短低温梨品种的选育奠定基础。
  参考文献
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