康熙一般被评价为有雄才大略的君主，但大多数人知道，康熙之所以能继承皇位，一个主要原因就是他患过天花。因为患过天花的人不会再患此病。可见，天花是清皇室的最大噩梦。据说顺治就死于天花。据《汤若望传》记载，“如同一切满洲人一般，顺治对于痘症有一种极大的恐惧，因为这对于成人来说也总是要伤命的。在宫中特为奉祀痘神娘娘，另设有庙坛。或许是因他对于这种病症的恐惧，而竟使他真正染上了这种病症。”
　　这种恐惧并非空穴来风：顺治七年（1650），多位贵族死于痘疹，德亲王多铎、英亲王阿济格的两位福晋，都因此病而亡。多铎1649年三月初十生病，十八日就病死了；四月十七日，孝端皇太后估计也死于来势凶猛的痘疹。
　　顺治患病期间，传教士汤若望很快就帮孝庄皇太后和顺治下了决心：立皇三子康熙为太子。理由简单而充分——康熙有终身免疫力。
　　从1690年到1697年，康熙亲征准噶尔汗国。远在漠西的这支蒙古部落，因为垄断乐与俄罗斯的茶叶贸易，聚集了几十年的财富，经过噶尔丹父子的经营，势力强大，西至撒马尔罕，南达拉萨。
　　经过七年征战，噶尔丹自杀。但根据耶鲁教授濮德培2005年出版的《西征：大清帝国对中亚的征服》一書披露，噶尔丹实际上也死于天花。这部厚达752页的巨著表明，蒙古人、满族人在与汉人接触之前，较少发生天花，满族虽然获得了天下，但天花让他们深感恐惧，康熙因此大力推广汉族医学中治愈天花的办法。
　　魏源虽说噶尔丹“仰药自尽”，但濮德培在蒙古文、满文与汉语史料中却发现，清朝集团改动的一些历史数据表明，由于信息传递滞后，在康熙进行最后一次轰轰烈烈的远征之前，噶尔丹已经死去，这让康熙颇感尴尬。于是，噶尔丹的死期被延后，变为康熙大军到达准噶尔，噶尔丹深感绝望，绝望自杀。这种绝望是康熙多次预言过的，所以必然要发生。
　　魏源也透露了更真实的数据：死于天花疫情的准噶尔汗国臣民，占其人口总数的40%。刚从古代崛起的准噶尔面临的是中俄两国的热兵器，以及他们闻之变色的天花。在那段被人遗忘的恐怖时期中，准噶尔汗噶尔丹策零1740年与清议和时就避免经过哈密和肃州；藏人也避免经过汉地。
　　1689年，清朝与俄国签订了《尼布楚条约》，稳定了与俄罗斯的关系。1727年，两国又签订了《恰克图条约》，将茶叶贸易收回。
　　1745年，噶尔丹策零死后，准噶尔爆发了大面积天花瘟疫，大概30%的人死亡。1750年代，当乾隆发动对准噶尔最后一次远征，另一场瘟疫爆发。最后反抗满人统治的蒙古汗阿睦尔撒纳也死于天花。t757年（清乾隆二十二年），准噶尔平定。起源于茶叶贸易、终于天花和战争的准噶尔汗国在历史中消失。
　　在这场战争、茶叶贸易与天花交织的时代，广州十三行的茶商开始引进更先进的医疗技术一种牛痘。
　　中国的人痘技术很先进，但也有瑕疵，接种后有可能不出痘，无法获得免疫力，而出痘过多又等于人为感染天花，存在一定风险，因此并没有大规模推广。
　　1796年，英国乡间为人种痘的医生琴纳观察到，养牛场工人接触患牛天花的病牛后，身上局部也会出痘，然而这种天花病情很轻，容易痊愈。经过实验，安全的牛痘接种术诞生了，欧洲各国马上推行。
　　1805年春，英国东印度公司外科医生皮尔逊在澳门获得了牛痘苗，开始为中国人接种牛痘。他写作的《英咭唰国种痘奇书》被十三行商人读到了。1810年，皮尔逊委托友人再次从南洋运来痘苗。他们在船上载着若干个小孩，一个接一个地接种，将痘种带到广东。
　　为了让难得的痘苗不再中断，这次洋行商人给予了大力支持。《南海县志》载，“洋行商人伍敦元、潘友度、卢观恒，合捐数千金于洋行会馆，属邱、谭二人传种之，寒暑之交，有不愿种者，反给以资，活婴无算。”
　　郑崇谦是积极推行施种牛痘的佼佼者。他于嘉庆二十年（1815），在广州十三行街的行商公所开设诊所，施种牛痘，请皮尔逊在一旁指导和监督。
　　1828年，十三行行商潘仕成在北京宣武门外上斜街南海邑会馆设牛痘局，北京医生争相到馆学习。从此以后，种牛痘防天花医术遂传播中国各地。而潘仕成在广州所建别墅“海山仙馆”号称岭南第一名园，今已荡然无存，遗迹为荔湾湖公园。