香港沦陷的第四天，重庆《大公报》在一篇题为《拥护修明政治》的社论中，不指名地揭露了孔祥熙一家霸占飞机运送洋狗、马桶的恶行。12月24日，昆明的《朝报》根据《大公报》社论精神，发表了一篇《从修明政治说到飞机运洋狗》的檄文，对孔家的劣迹给予了尖锐评击。
　　文章发表后，引起了重庆与昆明西南联大等高校师生的义愤，校园内外立即沸腾起来。当西南联大的师生们得知教育部与中央研究院圈定的陈寅恪本该在“抢运”之列，而由于“飞狗院长”家中的主子与奴才从中作梗而未返回时，悲愤交加。许多师生都以为陈寅恪此次在劫难逃，已经在乱枪流弹中死去了。几位历史系学生在一个名叫《论坛》的壁报上，发表了一篇题为《悼陈师寅恪》的文章，以哀婉、悲愤的语调追怀香港沦陷后，生死与下落皆不明的陈寅恪教授及其家人。
　　文章刊出后，整個西南联大师生沉浸在莫大的悲痛与激愤中，积压在心中的怒火如电石碰撞，瞬间爆发。时在西南联大任教的吴晗对学生们说：“南宋亡国前有个蟋蟀宰相（按：指贾似道），今天又出了一个飞狗院长，真是无独有偶呵！”力主师生起来反抗。
　　基于义愤，联大学生邹文靖等26人立即用毛笔大字起草了“讨孔宣言”，张贴在校门口的墙壁上。
　　宣言贴出，在学生自治会的组织下，全校师生立即响应，于校本部广场组成了声势浩大的“讨孔”队伍。队伍的前锋是一幅用床单制成、上画脖颈上套一巨大铜钱作枷的孔祥熙头像。学生们在短暂集会后，高呼“打倒孔祥熙，铲除贪官污吏”的口号，浩浩荡荡地走出校园示威游行。沿途有云南大学、昆华师范学院、南菁中学等十多所大中学校师生陆续加入，汇合成数千人的游行队伍。西南联大当时在校主持工作的蒋梦麟、梅贻琦二常委出于对孔氏一家恶行的义愤，不但对学生的义举未予劝阻，还暗中准备了应变措施，并乘车尾随游行队伍之后，以备万一学生与军警发生冲突，好及时出面加以调解。
　　游行过后，联大与昆明市众多大、中学校学生纷纷宣布罢课，并向全国各地高校拍发讨孔通电，以期通过这一运动，给孔祥熙之流的贪官污吏予以警告和惩戒。
　　西南联大的通电发出后，远在李庄的同济大学师生立即响应，相机而动，高举旗帜和标语，涌向大街小巷，在高喊打倒孔祥熙口号的同时，还在中央博物院借住的张家祠门前、史语所居住的板栗坳、中国营造学社所在的上坝月亮田等地，背诵诗词，以悼念被“飞狗院长孔祥熙的狗儿女害死的陈寅恪教授”。
　　在李庄的陶孟和、李济、董作宾、梁思成、林徽因及其所属机构的同事，听到陈寅恪“死去”的消息，大为震惊，纷纷向傅斯年询问详情。傅斯年闻听更是惊恐万状，立即急电重庆中央研究院总办事处，探询实情。重庆方面的回电称同样听到了如此不幸的消息，却无法确定真伪。于是，整个李庄的科研人员与同济大学师生，沉浸在一片巨大的激愤与忧伤之中。盛怒中的傅斯年暴跳如雷，直呼要“杀飞狗院长孔祥熙以谢天下”。
　　此时的陈寅恪没有死去。但陷入港岛的陈寅恪确是遭到了天命与际遇双重的不幸。由于学校关门，粮库封锁，钱粮来源皆已断绝，只靠一点存粮维持一家人的生命。
　　春节过后，有位自称陈寅恪旧日的学生来访，谓奉命请其到沦陷区广州或上海任教，并拨一笔巨款让陈寅恪筹建文化学院。陈氏愤而辞却对方，意识到自己有被日伪汉奸强行利用的危险，想要不与狼共舞，就必须冒死逃离港岛。于是，经过一番苦心孤诣的秘密筹划，终于在1942年5月5日突出重围，携家登船离开了坟墓般的孤岛，取道广州湾（即湛江）返内地，一路艰苦跋涉，终于同年6月抵达桂林。
　　脱离虎口，流亡到桂林后，陈寅恪的心情如同久霾的天空忽然晴朗，正如给好友刘永济的信中所言：“扶病就道，一时脱离沦陷区域，获返故国，精神兴奋”。 而当远在乐山武汉大学任教的其兄陈隆恪得知乃弟尚活在人间，并摆脱了倭督及汪伪汉奸的纠缠，携家安全脱险后，在《闻六弟携眷自香港脱险至桂林》诗中有“辛苦识君来”“正气吞狂贼”两句，以示对这位富有民族气节的胞弟及其家人的称赞与嘉赏。