石室禅院位于全国最大的台商投资区——厦门市海沧新阳工业区内。南枕玳瑁群山，山间林木葱翠、飞瀑流泉，但闻晨钟暮鼓响彻寰宇。北望灵鹫山峰，放眼海天水阔、气象万千，好一派佛国景象。
　　厦门，为我国的四大经济特区之一，与台湾隔海相望，素以环境优美，风景秀丽而著称。闽南人自古崇佛，信仰普遍，故而灵山秀水缀以香火缭绕的寺院是厦门各景区的一大特色，闻名中外的寺院在闽南一带随处可见。
　　药师佛道场石室禅院位于玳瑁山下，面对灵鹫山，据《漳州府志》、《龙溪县志》、《海澄县志》记载：石室禅院创建于后唐同光三年（925年），始建为寺院。宋英宗治平二年（1065年）曾修建或添建。元代元统甲戌（1334年），由晦庵和尚主持重建，建梵宫、僧房、塑佛像，宛然名刹，奠定了石室禅院之规模。明天顺八年（1464年）一度修葺。明成化年间（1465年～1487年）寺废。隆庆三至五年（1569年～1571年），由漳州芝山开元寺高僧云轩和尚主持理修，建法堂、山门和廊庑，周围筑墙，焕然一新。
　　清朝是石室禅院的鼎盛时期，曾由朝廷下圣旨嘉奖该寺院药师佛显灵灭除瘟疫的事迹（圣旨碑还保存完好）。另据新编《厦门佛教志》载，石室禅院乃闽南刚开发时最初建的一批寺院之一，从出土留存的两方有关重建石室禅院的古碑文记载中，该寺应创建于唐垂拱二年（686年），原为人们修行的石室，而垂拱年则属于闽南开漳，陈元光授第一任刺史之时。
　　石室禅院在宋、元、明、清、民国经过多次重建，院内有数幢石碑记载了这段古今历史。明朝末年，倭寇侵扰闽浙沿海，戚继光将军领兵抗倭，令倭兵闻风丧胆而去，玳瑁山顶至今尚存戚将军用于抗倭的“游城古寨”、“尖山古寨”遗迹，而禅院现仍留存有当年扎寨驻兵所用的马槽，具有一定的历史参考价值。禅院东侧为各朝僧尼之墓穴，以清朝居多，院内多存有这些尚未破坏的古墓碑，其中已发现有三座明朝本寺住持的父母亲古墓在寺院旁边，其中明高僧正旭之母寿域，规模最为庞大，这种特殊葬制出现在中国佛教寺院之中可谓极为罕见，由此从侧面也可印证，在当时石室禅院古道场建置规模已经非常宏大不凡了。
　　千年的古寺，崇峻的玳瑁山，雄壮的灵鹫山，自古相传有十八景，如今许多景观都仅成了历史名词，然而仍留下有部分景迹供后人玩赏，譬如“高山天湖”、“试剑石”、“高山飞瀑”、“仙人足迹”、“观音崖”等，其留下的精彩传说令后人回味无穷。
　　在寺院与玳瑁天湖之间有一高百米悬崖——观音崖，寺院以前四周皆为村庄，村中有一寡妇因不堪乡人诬其不贞，遂在寺内佛祖前发一狠愿后，便攀爬至寺院后山崖处跳下以证清白，其间感得观音菩萨救护，安然无恙，故称此崖为“观音崖”。
　　文殊菩萨曾因本寺弘扬药师法门而应现禅院，玳瑁山神向菩萨请教佛法，对答之间菩萨以剑试石，以喻佛法修行犹如宝剑砍断世间一切烦恼，故今留“试剑石”圣迹供后人瞻仰。
　　禅院后山有一巨石——“仙脚石”，相传古时有龟精骚扰民间作怪，乡人来禅院祈求观音菩萨消灾，菩萨显灵降伏令龟精化为石头，菩萨站立龟背之处也因此留下脚印，故称“仙脚石”。