【摘 要】
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目的:筛选和分析大鼠胶质瘤模型与正常星型胶质细胞中的差异表达基因。方法:构建大鼠C6颅内胶质瘤模型,利用Illumina Hi Seq 4000技术对大鼠胶质瘤模型的胶质细胞和正常星形
【机 构】
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徐州医科大学医学信息学院; 徐州医科大学神经生物学实验中心;
【基金项目】
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国家自然科学基金(81372698);江苏省博士后科研资助计划(1601080C);江苏省高校自然科学研究面上项目(17KJB310015);江苏省高等学校大学生实践创新训练计划项目(201810313071H);徐州医科大学优秀人才科研启动基金(D2015001)
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目的:筛选和分析大鼠胶质瘤模型与正常星型胶质细胞中的差异表达基因。方法:构建大鼠C6颅内胶质瘤模型,利用Illumina Hi Seq 4000技术对大鼠胶质瘤模型的胶质细胞和正常星形胶质细胞进行转录组测序并对测序结果进行功能注释。以q值<0. 05为标准筛选差异表达基因,并通过GO和KEGG数据库分析其功能和参与的信号通路。结果:较之正常星形胶质细胞,大鼠胶质瘤模型组细胞共筛选得到9221个差异表达基因,其中4604个基因表达上调,4617个基因表达下调; GO富集结果表明:这些差异表达基因共映射到575个GO term,与各类结合相关的分子如蛋白结合、离子结合、小分子结合、核苷酸结合等功能富集显著; KEGG富集结果表明:差异表达基因共参与22条通路,富集最多的是癌症发生通路、MAPK通路、胞吞通路和黏着斑通路。结论:成功获取大鼠胶质瘤模型细胞与正常胶质细胞的基因表达谱,差异表达基因富集在癌症发生通路、MAPK通路、胞吞作用通路和黏着斑等生物学通路,这些信号通路可能在胶质瘤发生发展过程中发挥重要作用,对其进一步分析将为临床治疗胶质瘤提供新的靶点。
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