北京四合院是中华民族博大精深历史文化的精华。在陕西岐山凤雏村就发掘出先周宫室完整而成熟的两进四合院遗址。从后来汉、隋、唐、宋历代的绘画中可以看出四合院的形制和文化融合诸多因素逐渐形成的过程，宋代张择端《清明上河图》最左端绘有一宅，其布局已经与北京四合院几乎完全一样。
　　到了明清，以北京四合院为代表的规整式院落民居更加普及和发展，形成了中轴对称、向心凝聚、开敞的院落、封闭的宅墙这些主要特点。这种格局是封闭与开放两种矛盾心态的明智融合：一方面，自给自足的家庭需要保持与外部世界的某种隔绝，以避免自然和社会的不测，保持生活的平安宁静和私密；一方面，根源于农业生产方式的一种深刻心态，又使得中国人特别乐于亲近自然，愿意在家中时时看天、地、花草和树木。家又称为“家庭”，是需要一个可以与自然时时对话的庭院的。唐代《黄帝宅经·序》说：“夫宅者，乃是阴阳之枢纽，人伦之轨模”。
　　所以，专家们一致认为，对四合院的破坏是对植根于炎黄子孙心灵深处的家和人伦天理的破坏，是对民族文化和人类文明的一种犯罪。
　　首先不能以“重现故都风貌”为幌子，把四合院推平改建成“四合楼”，把人落起来住。
　　为了降低商业开发的成本，“四合楼”必须在一个远远小于标准四合院进深的院子内尽可能多地安排进去住户，盖成两层甚至三层楼。所以必然导致居住功能的不合理——空间狭小、楼梯窄陡，生活起来捉襟见肘。各家衣服晾在哪？自行车放在哪儿？杂物堆在哪？头碰头，人盯人，物挨物，弄不好是一个“大杂院”。处于城市中心位置，不符合商品住宅规律的“四合楼”，谁能保证将来它不会面临被拆命运？
　　拆真造假既不能从根本上改善百姓的居住条件，也不能保护四合院。你就是把明清风格摹仿得再像，也没有丝毫的历史文化价值，既没有社会效益也没有经济效益。
　　四合院给一些人的印象是“破”、“旧”，但它原本不是这样。由于历史原因，四合院塞进了许多住房困难的居民，“标准租”、“经租”政策造成房屋维修无人负责，院内私搭乱建，四合院变得没“形”了。然而现在，一些四合院在产权归还原主、腾退承租人后，私房主花几万元钱，拆违修缮，四合院就露出了原有的美丽容颜；有的开发商也看到这一点，希望购买四合院，原汁原味地修缮保护，认为可以获得比拆毁重建好得多的商机和形象。
　　因此，四合院保护的出路只有一条，那就是降低居住密度、归还私宅产权，以保护和修缮为主。
　　然而，北京四合院保护特别是保护院落的确定和名单缺乏公开的审核程序和透明性。曾有专家和四合院民间保护者调查发现：北京前两年经认真研究确定的539个保护院落有相当一部分可能并没有受到挂牌保护，2003年宣传的挂牌保护院落有多少是在这539个保护名单中存在疑问；而2003年匆匆确定的700多个保护院落也不透明，已经挂牌保护的院落可能有些是出自这700多个新确定的保护院落中；而且有些挂牌保护院落很是一般，凑巧般一个挨着一个，但一些比它们好得多的院落却被拆毁了。
　　有四合院民间保护人士认为，不能把妨碍盖楼赚钱的四合院拆掉，而把次一些、暂不“碍事”的四合院挂牌保护起来，为再拆“次品”埋下伏笔。四合院保护不应当以次充好、混淆视听。
　　更重要的是，宣传北京市确定的受保护四合院的同时，不应忽视北京40个历史文化保护区和历史文化名城的整体保护问题。北京作为元明清封建王朝的首都，按照中国古代哲学思想与政治理念，建成了以皇宫为中心，五府六部摆在宫城前，围绕分布着文教、坛庙、军事等系统和皇家园林以及胡同、四合院的伟大城市，它的街道布局是世界城市规划史上惟一无二的孤例，是世界文化遗产中无比宝贵的财富。
　　我们不能以点代片，丢了西瓜去捡芝麻，甚至连芝麻都不去捡。不能把古都风貌作为所谓现代化的一种陪衬，不能把四合院变成高楼大厦、钢筋水泥丛林中的一个个“盆景”，那样的话，故宫就成了没有毛的凤凰，天坛就成了没有头的神。
　　北京历史文化名城要整体保护，四合院、胡同要成片保护。这是日益临近的2008北京“人文奥运”的迫切要求。