杉木茎段皮层cDNA文库构建及EST分析

来源 :分子植物育种 | 被引量 : 0次 | 上传用户：hrbqian

【摘要】

：

在利用ZAP Express cDNA试剂盒构建杉木茎段皮层cDNA文库,随机测序共获得1119条有效序列。利用Sequencher 2.0 Demo软件对EST进行聚类分析与拼接,共获得354个非重复序列（UniGe

【作者】

：

洑香香杨立伟施季森王桂凤

【机构】

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南京林业大学林木与基因工程实验室

【出处】

：

分子植物育种

【发表日期】

：

2008年4期

【关键词】

：

杉木 CDNA文库构建 EST Chinese fir （Cunninghamia Lanceolata. Lamb.） Constructing cDNA

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在利用ZAP Express cDNA试剂盒构建杉木茎段皮层cDNA文库,随机测序共获得1119条有效序列。利用Sequencher 2.0 Demo软件对EST进行聚类分析与拼接,共获得354个非重复序列（UniGenes）,其中包括129个重叠群（contigs）（占36.44%）和225个独立ESTs（singletons）（占63.56%）。BlastX比对发现仅有16.4%UniGenes和数据库中至少1条序列是高度相似、19.8%为中度相似、14.1%低度相似,而有近50%在数据库中无匹配序列

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