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目的 了解新疆新源县和四川石渠县棘球绦虫线粒体细胞色素c氧化酶亚基1(cox1)基因的遗传多态性,探讨棘球绦虫在我国的传播动力和传播方向. 方法 2014-2018年,在新疆新源县、四川石渠县捕捉啮齿类动物并采集其肝组织样品,收集家畜病变脏器.提取肝组织和病变脏器组织的DNA,PCR扩增棘球绦虫cox1基因片段,经分子克隆、测序后,在NCBI数据库中比对以确定所感染的虫种.使用Clustal X2和MEGA 7剪辑序列,使用DnaSP v5和Arlequin 3.5计算核苷酸多态性和中性检验,分析新源县和石渠县棘球绦虫的遗传多样性.以石渠棘球绦虫为外群,用MrBayes 3.2.4建立基于cox1基因的贝叶斯系统进化树,总结分析虫种的基因型.采用Network 5.0绘制棘球绦虫cox1基因的单倍型网络图,分析单倍型结构. 结果 在新疆新源县捕获普通田鼠122只,收集绵羊病变脏器5个;在四川石渠县捕获青海田鼠144只、经营田鼠44只和高原鼠兔135只,收集牦牛病变脏器6个.其中从5只绵羊、4头牦牛的病变脏器样品DNA扩增获得细粒棘球绦虫cox1基因片段40条(新源县26条,石渠县14条),从8只普通田鼠、14只青海田鼠、5只经营田鼠和2只高原鼠兔获得多房棘球绦虫线粒体cox1基因59条(新源县20条,石渠县39条),扩增产物长度均为875 bp.细粒棘球绦虫在两地的遗传分化程度(Fst=0.088 63)高于多房棘球绦虫(Fst=0.000 88),新源县细粒棘球绦虫遗传多样性(0.002 58±0.00046)低于石渠县(0.005 88±0.000 58),而其多房棘球绦虫遗传多样性(0.002 28±0.000 46)高于石渠县(0.001 37±0.000 30).贝叶斯系统进化树显示,两地的细粒棘球绦虫基因型为G1型,多房棘球绦虫为亚洲型.序列比对发现25个细粒棘球绦虫cox1基因单倍型(新源县15个,石渠县9个,共同单倍型1个)和29个多房棘球绦虫cox1基因单倍型(新源县13个,石渠县15个,共同单倍型1个),两种棘球绦虫的单倍型网络图均为环绕主单倍型(共同单倍型)的辐射状结构,新源县的细粒棘球绦虫序列中有9条为主单倍型(34.6％,9/26),而石渠县仅有1条(1/14),显示出新源县在细粒棘球绦虫单倍型结构中的核心位置;石渠县的多房棘球绦虫基因序列中有23条为主单倍型(58.9％,23/39),而新源县为7条(35.0％,7/20),表明石渠县在多房棘球绦虫的单倍型结构中更具有主导地位. 结论 新源县和石渠县的棘球绦虫线粒体cox1基因型一致,但遗传多态性存在一定差异,同等空间跨度上细粒棘球绦虫的遗传分化程度要高于多房棘球绦虫,这些差异为探讨棘球绦虫传播方向和动力提供了重要参考依据.