作为丝绸之路最重要的地段，历史上东西方文明相互交流影响的重要结点，新疆就像这条蜿蜒万里彩带上的一颗明珠。特殊的地理位置以及丰富的文物资源，让新疆文物保护工作具有着独特优势；然而恶劣的自然条件，又使其始终面临着巨大的困难和繁重的任务。近年来，国家再次加大了新疆文物保护的力度，总投资4.2亿元的丝绸之路新疆段重点文物保护工程有序展开，新疆地区古丝绸之路的申遗工作成功启动，新增全国重点文物保护单位17处等大事、喜事不断。在全自治区文物工作者的共同努力下，新疆的文物保护事业取得了显著成绩。
　　文物保护法制建设进一步加强。2004年经自治区十届人大常委会审议通过，《吐鲁番交河故城遗址保护管理条例》公布。《新疆维吾尔自治区实施〈中华人民共和国文物保护法〉办法》已完成立法调研工作，今年年初有望出台；《楼兰故城遗址保护管理办法》、《尼雅遗址保护管理办法》已正式列入立法计划。
　　文物保护机构进一步健全。继自治区文物局升格为二级局后，又增设了文物执法大队，编制达到33人。各地、州和一些文物重点县也竞相成立了文物局，有些地区如阿勒泰，所辖六县全部成立了文物局，文物保护机构人员得到大大加强。为了切实加强和改善基层文物行政执法的工作条件和手段，自治区文物局自筹资金为地州市文物行政管理部门购置了14辆文物行政执法车，为地方解决执法的实际困难。
　　同时加大文物执法力度。针对个别发生的企业经营国有文物保护单位的行为，自治区政府两次向各地州市下发了《关于转发<国家文物局请核实并依法纠正部分地区将国有文物保护单位交由企业经营等违法行为函>的通知》。随后，自治区政府派出政府督查组，赴各地进一步督查整改纠正的落实情况。目前，此类事件已基本得到妥善解决。
　　文物保护基础工作得到了进一步的加强。据统计，目前全疆现有全国重点文物保护单位58处、自治区级文物保护单位263处、县市级文物保护单位673处、初步查明的文物点达4000余处。共有博物馆28座，文物藏品116753件，其中一级品706件。目前，全疆95%以上的文物点已办理了土地证。全国重点文物保护单位和80％的自治区级文物保护单位已建立文物“四有”档案，50％的县、乡级文物保护机构或专兼职保护人员已基本得到落实。
　　配合大型基本建设，做好文物抢救保护清理工作。近年来，随着新疆一批大型建设项目相继立项，自治区文物局经过积极努力，做到了文物部门提前参与到项目立项的论证阶段，变被动为主动。本着两利的原则， 配合水利、公路、铁路、石油勘探等基本建设，先后完成了一批抢救性考古发掘项目：尼勒克吉林台水库、特克斯恰甫其海水库、和静察汗乌苏水电站工程、塔什库尔干下坂地水库、恰甫其海南岸干渠工程、伊吾县拜其尔墓地、哈密央打克佛寺的考古发掘等，取得了大量考古收获和成果；配合阿拉山口至独山子输油管线工程、西部原油成品油管道工程、阿勒泰市克孜加尔水库工程的考古勘探调查，配合福海——恰库尔特公路、若羌——且末公路、新源——巴仑台公路、吐鲁番——鄯善公路建设的考古调查发掘取得了新的收获。
　　合理筹划做好文物保护维修工作。自治区文物局根据文物点的保护级别、受损状况的轻重缓急，制定出保护维修计划，先后对一批国家级和自治区级文物保护单位进行了重点抢救保护维修，编制完成了一批国保单位维修项目和大遗址保护规划。北庭故城西大寺保护性设施项目、大河古城保护设施等一系列保护维修及大遗址保护项目正在进行当中。鄯善鲁克沁王凉亭、阜康吐墩子清真寺等一批自治区级文物保护单位的维修项目相继竣工或阶段性完工。以新疆古代“丝绸之路”主干通道为主线，文物集中的五处大类型遗址保护区为重点，串联辐射二十余处全国重点文物保护单位的丝绸之路新疆段重点文物保护工程，自2005年初由国家文物局正式批准立项以来，得到了自治区人民政府高度重视，目前一切都在有序地进行。
　　高度重视申遗工作。在联合国教科文组织世界文化遗产委员会以及国家文物局的积极倡导之下，我国丝绸之路（新疆段）跨国申遗工作已正式启动。自治区文物局组织精干人员全力投入，圆满完成了前期的资料收集准备工作，并初步确定了申报世界遗产项目名单。这些遗产地涉及到吐鲁番、阿克苏、喀什、和田和巴州等5个地州。
　　搞好博物馆建设，充分发挥文物的社会效益。“十五”期间，新疆博物馆建设工作，取得了可喜的成绩。自治区博物馆新馆于2005年9月20日落成开馆。石河子军垦博物馆在原来的基础上新建一座现代化的博物馆，并更名为新疆军垦博物馆。各地、州、市的博物馆建设加快步伐。到目前为止，自治区三分之二的地、州、市建起了新博物馆，其它地州市的新馆建设已完成了规划设计工作。到2010年，自治区将全面完成各地、州、市的旧馆改造和新建工作。同时，各地区狠抓博物馆展览提升工程，举办了形式多样、主题鲜明的陈列展览，贯彻落实“三贴近”的要求，为各族群众提供优质的服务，产生了良好的社会效益。
　　以科学严谨的态度做好考古发掘工作，努力提高学术研究水平。近年来，在考古发掘工作中，采用高科技、多学科技术，力求通过考古发掘全方位掌握古代遗址墓葬所承载的信息。通过多学科专家的参与，使得考古发掘成为古代人文与地理研究的大平台。其中，中日尼雅遗址联合考古调查、中法克里雅河流域联合考古调查、“西域都护府”课题的考古调查、丹丹乌里克遗址调查、小河墓地考古发掘等项目均取得显著成果。自治区文博界专家学者先后完成了一批高水平的学术研究论著成果和数百篇学术论文。
　　加大文物宣传工作的力度。2003年自治区政府确定了每年6月的第三周为“文物保护宣传周”。2004年６月15日－21日，全区首次开展了以“保护文物、人人有责”为主题的文物保护宣传周活动。2005年宣传周的主题是 “文物是不可再生的人类文化遗产”。2006年，将国务院确定的文化遗产日与文物保护宣传周活动衔接起来，以“文化遗产日”作为宣传周的开始，通过文物保护宣传周活动，提高全社会的文物保护意识。
　　重视文物对外交流合作，提升文物保护水平。近年来，随着我国对外开放和对外文化交流的不断扩大，自治区文物对外交流工作也呈现出更加活跃频繁的趋势。由最初仅局限于文物外展而向多种形式、多种渠道发展。近年来，除了在日本、香港等国家和地区单独举办大型文物展览以及参加国家文物局组织的赴美《走向盛唐展》等多项文物展览外展之外，还在涉外考古调查、发掘、出土及馆藏文物的保护研究、学术研究报告出版、人才培养、国际组织文物保护援助等方面进行了一系列卓有成效的工作。拓宽了文物对外交流合作的空间，更大地发挥了文物在对外交流中的积极作用。
　　新疆的文物保护工作除了弘扬祖国优秀传统文化、提高我国文物保护管理水平等重要意义之外，还肩负着向世界正确阐述新疆的历史，批驳“疆独”分子散布的反动历史观，维护祖国统一和领土完整的神圣职责。近年来，新疆文物保护事业的快速发展已经为未来新疆文物保护事业的更大发展开启了良好的开端，奠定了坚实的基础。
　　新疆的文物保护事业在和谐发展的进程中稳步迈前。