小麦容重QTL定位

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  摘 要:
  为定位控制小麦容重的QTL位点,并获得与重要位点连锁的分子标记,以含有 302个家系的重组自交系群体(RIL)WL为材料,在3个环境中,用完备区间作图软件IciMapping v3.0对小麦容重QTL进行定位分析。共检测到14个控制容重的加性QTL位点,分别位于1B、2A、4A、4B、5B、6B、7A和7B染色体上,单个QTL可解释籽粒容重变异的 3.63%~16.15%。其中,QTw-WL-4A和QTw-WL-7B.2 均可在E2和平均环境中被检测到,可分别解释籽粒容重变异的4.86%、3.83%和11.81%、5.57%。其中,有4个在单个环境中可以解释超过10%的表型变异。增效位点有的来源于父本,有的来源于母本。
  关键词:小麦;重组自交系;容重;QTL
  中图分类号:Q343.1+7+S512.1 文献标识号:A 文章编号:1001-4942(2014)04-0024-05
  小麦容重是指单位容积内小麦的重量。由于胚乳的比重大于皮层,所以小麦容重高时胚乳含量就多,皮层含量就少,出粉率就高。研究认为容重和烘烤品质呈正相关关系[1],是反映小麦质量的重要指标,是小麦收购和市场交易的最重要指标,是定价的最主要依据。我国和美国、加拿大、澳大利亚等世界各小麦主产国的小麦质量标准中,容重都被列为质量标准的首位。容重是受多基因控制的数量性状,它是籽粒大小、质量、形状、整齐度、腹沟深浅、胚乳质地、出粉率等性状和特征的综合反映,受环境的影响较大,在早代对其进行选择的可靠性较差[2,3]。因此进行容重的QTL定位分析,对于了解容重形成的遗传基础和进行分子标记辅助选择(MAS)育种具有重要意义[4,5]。
  1 材料与方法
  1.1 试验材料与田间种植
  两个亲本潍麦8号、洛旱2号分别由潍坊市农业科学院和洛阳市农业科学研究院选育而成,由二者杂交创建的含有302个家系的重组自交系群体(RIL,F8∶9,简称WL)由国家小麦改良中心泰安分中心提供。
  重组自交系群体及其双亲于2008-2009年度种植于山东农业大学农学院实验农场 (环境1,简称E1),2009-2010年度分别种植在山东农业大学农学院实验农场 (环境2,简称E2)和济宁市农业科学研究院试验农场(环境3,简称E3)。3个环境下均不设重复,家系间随机排列。每个家系种植2行,行长2 m,每行匀播50粒,行距30 cm,株距4 cm。栽培管理同一般大田。
  1.2 DNA提取及分子标记检测
  双亲及WL群体基因组DNA提取采用CTAB法(略有改动)[6]。共选用3 123对小麦基因组SSR、EST-SSR、ISSR、RAPD、STS和SRAP引物进行双亲间的多态性筛选,共筛选出343对引物,其中多位点引物有74对(53、17对和3对引物分别扩增出2、3个和4个多态性位点)。引物序列及其相关信息通过参考文献和GrainGenes2.0 网站(http://whea.pw.usda.gov/GG2/index.shtm1)获得。所有引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。
  扩增反应在TaKaRa PCR thermal cycler上进行,PCR反应总体积为 25 μL。反应体系的组成为:H2O 11.9 μL,10×Buffer 2.5 μL,dNTP(2.5 mmol/L)2.5 μL,Mg2+(25 mmol/L)2.0 μL,TaqE(5 U/μL)0.2 μL,正反引物(25 ng/μL)各1.7 μL(ISSR引物为3.4 μL),模板DNA(80 ng/μL)2.5 μL。扩增程序为降落PCR(Touchdown PCR),即 94℃预变性4 min,接着完成15个循环的复性温度降落程序,94℃变性45 s、65℃复性50 s(每个循环降低1℃)和72℃延伸55 s;最后完成30个循环的普通PCR程序,扩增结束后10℃保存。扩增产物按5∶1体积比加入溴酚蓝混合均匀,在6%聚丙烯酰胺非变性凝胶(39∶1)上稳压(120 V)电泳,固定、银染、显影、定影,然后用Tanon Gis-2010型凝胶成像系统照相观察,记载带型。
  1.3 表型性状调查和分析
  小麦完熟后单个家系所有单株混合脱粒,充分混合后用 200 mL量筒量取200 mL籽粒,称重,折算成每升重量(g)。采用SPSS 13.0 软件分别对3个环境下的表型数据进行正态分布分析。
  1.4 遗传图谱构建和QTL分析
  连锁图谱构建参考Wang等[7]的方法。采用MapMaker/EXP 3.0软件构图。首先,根据在GrainGenes 2.0(http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml)公布的位点信息和中国春缺体-四体定位的信息,用“ANCHOR”命令在每个染色体上分散锚定若干位点;然后在LOD值为3.0的条件下用“ASSIGN”命令将剩余的标记分别进行染色体分配;最后用JoinMap v3.0(http://www.joinmap.nl)构建遗传连锁图谱。采用完备区间作图软件IciMapping v3.0 (http://www.isbreeding.net/)进行QTL定位分析。LOD阈值设定为 2.5,步长为1 cM,进行1 000次置换检测。三个环境下的表型数据以及其平均值(P)分别用作QTL定位分析。
  2 结果与分析
  2.1 遗传连锁图谱
  共计348个位点被定位在连锁图谱上,分布在23个连锁群上,包括了小麦的21条染色体(4D和6D各包含 1个连锁断点)。整个染色体基因组全长3 132.2 cM,标记间的平均遗传距离为 9.0 cM 。A、B和D 3个染色体基组的遗传长度分别是 1 086.1、1 170.8 cM 和 875.2 cM,差别较大,而且标记位点数在3个染色体基组间的分布也不均匀,B基组的标记数为154个,是 D 基组的 2.3倍。单个染色体上的标记数目相差亦非常明显,7B染色体上标记数最多,达 47个,而3D上只有2个(表1)。   2.2 RIL 群体及其亲本表型变异
  在3个环境中洛旱2号的容重显著高于潍麦8号。RIL群体的平均值高于双亲平均值,表现为倾高亲遗传。3个环境中,容重的偏度系数的绝对值均小于1,除E3环境中峰度系数大于1外,其它两个环境峰度的绝对值均小于1,表现连续变异,且频数分布符合正态分布,变异系数为10.1%~21.2%(表2)。
  2.3 利用完备区间作图法检测到的容重QTL
  通过分析,共定位了14个容重的加性QTL(表3,图1),分别位于1B、2A、4A、4B、5B、6B、7A
  和7B染色体上,单个QTL可解释3.63%~16.15%的表型变异。其中,QTw-WL-4A和QTw-WL-7B.2均可在E2和P中被同时检测到,分别解释容重的4.86%、3.83%和11.81%、5.57%表型变异,其增效基因均来自于潍麦8号。其余的12个加性QTL均只能在一个环境或平均值中被检测到,其中QTw-WL-6B.3的LOD值为6.70,加性效应为6.22,可解释高达15.09% 的表型变异,增效基因来源于潍麦8号;QTw-WL-5B的LOD值为2.88,加性效应为6.38,可解释超过10.68%的表型变异,增效基因来源于洛旱2号,二者均为主效QTL。
  从表3中可以看出,3个环境中检测到的QTL数量差异较大,在E1环境中有5个QTL被检测到,而在E3环境中只检测到2个容重QTL,且在E3环境中检测到的QTL与E1环境中的不相同,这表明基因的表达受环境条件的影响,这在QTL水平上表明基因与环境之间存在互作。
  3 结论与讨论
  本研究定位的控制容重的QTw-WL-2A位点与Houshmand等(2008)[8]报道的位于2AS染色体上的容重QTL具有相同的连锁标记Xbarc010,推测它们可能是相同的QTL。在染色体4B上,张业伦(2008)[9]检测到 1个控制容重的 QTL,Houshmand等(2008)[8]检测到了一个在 7个环境中能被重复检测到的容重QTL。在7B染色体上,Sun等(2009)[10]在Xswes624d~Xwmc517区间,Houshmand等(2008)[8]在Xbarc172~Xgwm537区间都检测到一个控制容重的QTL。在染色体1B上,McCartney等(2006)[11]检测到一个容重QTL。Sun等(2009)[10]在4A染色体上检测到一个容重QTL,在6B染色体上检测到一个在3个环境中能被重复检测到的容重QTL。张业纶(2008)[9]在5B和7A染色体上分别定位了一个控制容重的 QTL。本研究在以上相应的染色体上定位到了容重QTL,但由于群体遗传背景、遗传图谱所用分子标记不同以及环境因素的影响,没有发现共同的分子标记,因此不能确定这些QTL是否与本研究在相同染色体上检测到的QTL相同。
  在检测到的14个QTL中,9个增效QTL来自于高亲本洛旱2号,有5个来自于低亲本潍麦8号,这说明低亲本中同样含有有益于目标性状的基因。在品种选育过程中,更应该注意这类基因的选择,因为含有这类基因的亲本在亲本组配过程中很少受到利用,但事实上这类基因使生物的多样性更加丰富,更有利于选育出突破性的品种。因此,利用QTL定位,充分挖掘作物的优良基因,并进行分子标记辅助选择,是选育优良作物品种的一条重要途径。
  容重是小麦最重要的商品性指标,对小麦的品质有重要的影响,但易受多种因素的影响,通过QTL定位分析,比较不同的研究结果,发现不同遗传背景和环境条件下稳定表达的QTL,对分子标记育种具有很好的应用价值。因此,创建具有不同遗传背景的遗传群体,构建能有效进行精细定位的遗传群体,再进行多年多环境试验,对于寻找与容重紧密相连的分子标记,对小麦容重分子标记辅助育种具有十分重要的意义。
  参 考 文 献:
  [1]
  司建中. 小麦水分含量对容重及硬度的影响[J]. 粮食储藏,2011,40(5):47-49.
  [2] 张华文,田纪春,刘艳玲. 小麦品种间籽粒品质性状表现及其相关性分析[J]. 山东农业科学,2004(6):10-12.
  [3] 王霖,郭新平,姬广臣,等. 小麦面粉白度配合力及其与主要品质性状的相关分析[J].麦类作物学报,2006,26(1):62-65.
  [4] 张桂芝,李斯深. “M8008×烟农15”F2∶3群体株高QTL的检测[J].山东农业科学, 2011(11):1-4.
  [5] 张坤普,徐宪斌,田纪春. 小麦籽粒产量及穗部相关性状的QTL定位[J]. 作物学报,2009,5(2):270-278.
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