一、组织构成

　　门主

　　百草门门主是门派的最高管理者，此人并不一定是门中医术最高的，但必须具备统筹全局的管理能力和统领众人的威信。门主管理着诸如门派账目、弟子行医记录、人员任命去留等众多繁琐事务，医术的修炼也不能落下，分外繁忙。门主是从同一代入门弟子中选拔产生的，一旦任职，门派中所有人，包括前任门主，都必须听从其号令。为安全起见，门主身边经常配备着守卫。
　　入门弟子
　　仅次于门主的存在，医术高超，每代弟子中入门弟子不超过三人，其中任何一人放在江湖上，都是极有名望的神医。除了行医，入门弟子也经常辅助门主打理门派日常事务。正式弟子要成为入门弟子，必须经历极为严苛的考核。有传言说，百草门中的入门弟子经常闭门不出，江湖上很难看到他们的身影——除了他们往往醉心于医学研究，还因为江湖乃至市井上普通的伤病，根本用不着惊动他们。入门弟子具备极为优秀的医学天赋，由他们研制出的药方层出不穷，以至于江湖上“无药可医”的伤和毒越来越少。
　　正式弟子
　　他们是行走在整个中州，医术精湛、妙手回春的医师们，也是百草门中最为人们所熟知的一群人。江湖人将他们称为“名医”。百草门正式弟子能治愈绝大多数伤毒和病症，他们在江湖中救死扶伤的行为，也极大程度地提高了百草门的名望。正式弟子以上的医师，对于各种药材的药性极其了解，总能以最快的速度对症下药。
　　预备弟子
　　医术达到了市井中普通大夫的水准，对各种药方烂熟于心，但往往缺乏实战经验和随机应变的能力。虽说这部分弟子也可以行医，但百草门不会将他们放出山谷去行走江湖，他们的行动，仅限于为附近镇子里的百姓免费看诊，既能积累经验，也解决了不少百姓无钱支付诊金的困境。但如果遇到了难以解决的疑难杂症，预备弟子必须及时通知正式弟子以上接替自己，不可贸然犯险，危及他人生命。当预备弟子的经验有所成长，将得到转为正式弟子的机会。
　　药童
　　负责门派中各种杂务，其中许多事务都与药材相关，具备一定的医术和看诊能力。药童若被入门弟子看中，则可跟随其左右，成为助手。跟随入门弟子，往往能得到更多学习的机会，快速积累经验，成为一名真正的医者。百草门挑选药童时也十分看重天赋，医者慈悲为怀，但门中决不养庸人。
　　守卫
　　身怀武功，守护门派安全的一群人。他们不一定懂医术，但至少能辨别有毒的动物和植物。百草门一向安宁，与世无争，但一旦有敌人袭击，守卫们将会拼上性命，保护百草门。
　　农耕者
　　农耕者
　　百草门的进项以农业收入为主，居住的山谷外设有种植蔬菜、圈养家畜的土地。农耕者大多是附近村镇贫寒人家的子弟，他们为百草门种菜养猪，换得衣食无忧的日子，还可以领到一份薪资。农耕者大多不会武功，也不算是百草门弟子，但百草门仍将他们视为自己人。如果有人进犯百草门时杀死了农耕者，门人同样会设法为其讨回公道。

二、派系分别

　　百草门的医者分为“木医”与“金医”两脉。木医以花草药石医人，金医则手持一把袖珍小刀，开颅、开胸、开腹之术无所不修，甚至能准确无误地切开肌理，找到筋脉血管中的顽疾。金医的基础源自于西方大陆，木医则是中州医术千百年来的传承。时至今日，在江湖上更能被人接受的，仍然是传统的木医。
　　但即便是木医，百草门弟子的行医手段，也远比其他医者先进许多。并且，只有入门弟子以上级别，才有选择派系，继续进修的资格。

三、门派武学

　　百草门并不擅长武功，身具武功的弟子皆为带艺投师。但由于缺乏战力，百草门弟子必须修行特定的功法，以保证行走江湖时自身的安全。
　　草药学
　　百草门弟子成为医者的必修课。弟子们必须学习中州大陆上所有花草树木的药性和毒性，才能获得行医资格。有时哪怕只是剂量上的区别，良药也能变成鸩毒，因此百草门弟子所修行的草药学，比起普通医者要严格百倍。
　　潜行术
　　百草门弟子除了行走江湖，还要深入各种人迹罕至的丛林险滩，寻找珍贵的药材。潜行术是正式弟子以上必须修炼的课程，通过周围物体的遮蔽，使自己的存在感降到最低。发動时除了人类，就连飞禽走兽也很难发现使用者的踪迹。百草门弟子身无武功，却能在人群熙攘的街道中经过而不被人发觉，同时潜行术也是应对敌人追杀的最佳手段。

　　金刀术
　　入门弟子以上级别，金医一脉弟子专修。行医者可以薄如蝉翼的刀片游走在患者的皮肤肌理间，以最小的损伤切除病灶。
　　药理学
　　入门弟子以上专修，除了熟悉各种药材的属性和相互作用，还必须精通草药成分的萃取和提炼，以去除药材中的杂质，提升药效。
　　无尘步
　　轻功，可大大提升行走的速度，翻越障碍。百草门虽然不擅武学，轻功却十分优秀，甚至处于江湖前列。无尘步的功法对修炼者的武艺天赋有要求，因此百草门并非人人都会。但若能练成此轻功，在步法方面，足以与江湖上的顶级高手相抗衡。

四、防护手段

　　百草门没有系统的武学，守卫的拳脚刀剑威力有限，因此防御手段就显得极其重要。百草门中设有重重机关，若进犯者稍不留心，就会落入陷阱，难以脱身。
　　毒瘴
　　设立在百草门所在的山谷口，无色无味，只要吸入就能让人行动迟缓，神志涣散，对百草门弟子无效，外人获得许可后，服下药物方可入谷。
　　阵法
　　百草门守卫武功都并非一流，但能变幻出不同的攻击及防御阵法，将敌人困于阵中。
　　蔓墙
　　以无数藤蔓织成的巨网，平时埋于地下，使用时能破土而出，高逾三丈，将整条道路拉腰切断。藤蔓韧性极强，刀枪不入，遇火则会产生大量的黑烟和毒气，让入侵者反受其害。
　　尚武弟子
　　百草门中有许多带艺投师的弟子，在江湖上是小有名气的高手。他们拜入百草门后，若遇到门派遭受危难，也将拿起武器，与守卫们并肩而战。同时，在与其他弟子一起行走江湖时，他们也会履行保护同门的职责。

五、门派设置

　　药园
　　药园是百草门中培植各种奇花异草、圈养飞禽走兽的地方，其中不少动植物是从中州各地搜集而来。培育时，百草门医者会还原出它们之前生长的环境，以确保这些动植物能够存活。
　　百草门药园是中州最大的天然药材库，门中弟子每天都会来到药园，摘取行医所需，并种植新的草药。如有需要，经门主同意后，也可在药园中开辟专人专用的药圃，便于培植自己需要的药材。
　　药园对所有百草门弟子开放。
　　制药室
　　百草门大多数绝妙的药方都是在制药室诞生的。室内有诸多先进的仪器，其中不少采用了唐门留下的天工秘笈，也有不少借鉴了其他大陆的文化传承。在制药室里，弟子们不但可以完成草药的提炼和萃取等工作，还能测试新药的药性，为中州医学的进步打下坚实的基础。
　　制药室对正式以上的弟子开放。
　　隐秘阁
　　隐秘阁可以说是门中的禁地，收藏着诸多不能轻易面世的药方，其中包括违背人伦的“药人”秘方，以及通过夺取心智来增强体能的“傀儡”秘方等，一旦问世，则会掀起中州的腥风血雨。百草门历来坚信，药方没有是非之分，有善恶分别的只是人心，因此并没有毁掉这些药方，而是将其封藏起来，只供值得信任的弟子们查阅研习。
　　只有入门弟子以上级别，并有门主陪同身侧，才能进入隐秘阁。

六、门派起源

　　·立派祖师：孙其芳
　　九百年前，“天眼謀士”叶思隐从西方大陆回归中州，也带来了许多先进的科学知识。其友人孙其芳行医多年，带着两名徒弟在云梦泽一处山谷定居立派，名为“百草门”。
　　孙其芳一生醉心于医学，除了两名门徒和挚友叶思隐，再无亲近之人。他邀请回到中州的叶思隐前往百草门长谈后，决意亲自前往西方大陆，探求中州以外的医学。
　　在出发前，他将百草门交给两名徒弟管理，一面游历世界，一面用飞鸽传书将最新习得的医学知识带回百草门。
　　孙其芳为医学殚精竭虑，最终创造出了江湖第一医术门派。
　　·一代弟子：林琴魄
　　百草门祖师孙其芳的大弟子，同时是一名琴师，自幼与孙其芳相识，两人在同一座村庄里生活。九岁那年，林琴魄擅音律，但家中并无余钱买琴，比她年长几岁的孙其芳便在采药时伐木造琴，赠与林琴魄。林琴魄感激之余，为孙其芳对医道的执著感动，于是以师父相称，一边跟随孙其芳四处云游，一边寻求自己的音律之道。

　　后来孙其芳前往西方大陆，其友人叶思隐帮助林琴魄和师弟打理门派，林琴魄与叶思隐互生情愫，最终离开了百草门。
　　·一代弟子：卢定秋
　　百草门祖师孙其芳的小弟子，是孙其芳和林琴魄一起四处游历时半路收来的徒弟，医术天赋极佳。他为林琴魄的气质容貌所心折，一心爱慕于她，林琴魄十分尴尬，却又不知如何应对。然而孙其芳一心扑在医道上，对两名弟子的状况毫无觉察。
　　孙其芳离开后，林琴魄与天眼谋士叶思隐两情相悦，最终离开百草门，卢定秋委委屈屈地成为了下一任门主。当时他有些任性地定下规矩：百草门入门弟子不得离开门派。但随着时间的推移，遵守这一规矩的弟子越来越少，最终还是被废除了。
　　卢定秋声名在外，前来投师的年轻人不计其数，百草门在他手中渐渐变得繁盛起来。对于林琴魄一事，他也最终看开，娶妻生子。
　　他唯一的女儿卢嘉艺嫁与唐门开创者唐圣的第四子唐因为妻，唐门与百草门实现联姻，成为了中州江湖发展最为迅速的两个门派。