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分子生物学的飞速发展及其各项技术的广泛应用，对水产动物的研究工作产生了很大的影响．分子标记在水产动物研究中的广泛应用，对于优良品种的选育、亲缘关系和品系家系的鉴定、重要经济性状基因的定位克隆以及大规模疾病的防治有重要的作用．本文就同工酶、扩增片段长度多态性（AFLP）和微卫星等常用分子标记在水产动物系统发育、遗传育种及疾病检测等领域研究上的应用进行了综述，旨在为今后的研究工作提供参考．