随着马铃薯市场的不断发展，其鲜薯的储藏数量迅猛增加，储藏周期进一步延长，但储藏中经常会出现薯块失水皱缩、腐烂变质等现象，造成食用、加工和种用质量下降，一般年份损失率15%～35%，重灾年高达50%左右，已成为马铃薯产业进一步发展的瓶颈问题，因此，做好马铃薯储藏期病害综合防治至关重要。
　　 1. 病害种类 马铃薯储藏期间普遍发生的病害主要有6种，即真菌性病害有干腐病、晚疫病、湿腐病和坏疽病4种（其中晚疫病在储藏中前期表现极为明显，干腐病在储藏后期表现较为突出，这两种病害是马铃薯储藏期间的主要病害）；细菌性病害有环腐病、软腐病两种。
　　 2. 发病原因 马铃薯储藏期间发生的病害是在收获前、收获时和收获后受病菌侵染造成的，与薯块的带菌量关系密切，与储窖内环境条件的关系也很密切，以温度为关键因素，即储窖温度在5～30℃范围内均可发病，以15～20℃为适宜条件，而25～30℃伴以潮湿条件易引起薯块腐烂。
　　 3. 防治措施 由于马铃薯储藏期病害的发生，是病菌在田间生长期初次侵染和储藏期二次复合侵染，以及马铃薯储藏期许多其他因素综合作用引起的，因此，应采取“预防为主，综合防治”的策略，在大田收获、入窖和储藏等多个关键环节进行综合防治。
　　 ①选择抗病良种。选用优良品种是马铃薯优质、高产、高效栽培和储藏的基本条件，优良的马铃薯品种除了要求高产、优质外，还要求适应性好、抗病虫和抗逆能力强，为此，因地制宜选择抗病良种是做好马铃薯储藏期病害防治的基础。同时，脱毒马铃薯不但能很好地减少病害的发生，而且又是获得高产的有效措施，应大力推广种植脱毒品种。
　　 ②种薯精选消毒。为了减少初侵染源，播种前要精选种薯，淘汰带菌块茎。播种切块时应进行切刀消毒，可用75%酒精消毒或将切刀在开水中煮或放在火上烧一下，这样可有效防止病菌随切刀传播，避免切刀传病。同时要做好种薯的消毒工作，可用25%甲霜灵600～800倍液浸泡或喷洒薯块，晾干后再切块播种，以减少田间病株的数量。
　　 ③加强栽培管理。一是进行轮作倒茬。实行轮作是减少马铃薯病害发生的有效措施，可与禾谷类作物实行4～5年轮作，忌和茄科作物轮作。二是调整好播种时间。春薯要适时早播，夏薯要适时晚播，避开高温多雨季节，这样能有效减少病害的发生。三是加强水肥管理。增施有机肥和酸性化学肥料，特别是增施磷肥和钙肥，禁施碱性化学肥料，可以提高薯块细胞壁钙的含量，增强抗病性。此外，合理灌溉也有利于马铃薯生长发育，提高抗病能力。四是培土和防地下害虫。马铃薯生长后期，培土和防治地下害虫可减少游动孢子侵染薯块的机会。病害流行年份，收获前两周割秧，也可避免薯块与病株接触，降低薯块带菌率。五是剔除发病植株。马铃薯生长期间要经常检查，一旦发现病株要结合中耕将其剔除并带出田外，以减少传病机会。
　　 ④注意适时收获。马铃薯收获过晚易受冻害，收获过早产量低，种皮簿，不耐储藏，因此适期收获十分重要。一般要求在土壤温度低于20℃时收获，这样可以大大降低病菌侵染概率。另外，收获时要尽量避免薯块被机械碰伤，减少病菌侵染通道。
　　 ⑤进行科学预储。马铃薯块茎收获后应放在通风处预储两周左右，使薯皮老化，伤口愈合。长期储藏前应去掉种薯表面泥土，剔除杂薯、烂薯、病薯、畸形薯和伤薯，并用75%百菌清可湿性粉剂或80%代森锰锌可湿性粉剂500倍液或58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液进行薯块表面喷雾处理，待表面药液稍干后分级储藏，可避免传病和机械混杂。
　　 ⑥选择窖址窖型。在寒冷干燥地区，储藏马铃薯除了现代化的永久性仓库外，乡村多采用井窖或窑洞窖储藏。窖址要选在地势高、地下水位低、排水良好、土质坚实、向阳背风和保暖的地方，并在收获前1个月修好，以便于让其充分干燥。无论新窖还是旧窖，都要用石灰水喷洒消毒，窖底铺1层垫料(一般用作物秸秆)。
　　 ⑦控制储藏条件。不同品种要分别储藏，以防休眠期长短、耐储性强弱不一致造成互相影响（最起码要将种用薯和菜用薯分别储藏）。同时，应根据马铃薯储藏期间生理变化和气候变化，做到两头防热、中间防寒。通过合理通风和密闭，控制储藏窖的温、湿度：储窖内储藏初期（两个星期）温度控制在13～15℃，促进伤口愈合，以后降低窖温保持在1～4℃，控制发病；注意保持通风干燥，相对湿度保持在75％左右，避免薯块表面潮湿和窖内缺氧，以减少发病。
　　 ⑧开展化学防治。马铃薯储藏期病害的防治应以预防为主，不论是侵染性病害还是非侵染性病害，在不能辨认病害种类时，凡发现薯块开始腐烂，就必须坚持翻袋检查剔除病薯隔离堆放，防止传染。一旦发病严重，要选用化学药剂科学防治（储藏期干腐病和晚疫病的防治药剂可选用瑞毒霉锰锌和25%甲霜灵）。
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