刑事诉讼中的指定管辖,其目的是保障司法公正,实践中发挥了积极作用,但也有一定弊端,如适用随意性较大,指定侦查管辖于法无据,公、检、法在指定管辖上不能有效衔接,公民的管辖异议权与指定管辖申请权不受尊重等。存在的问题与我国特有的分工负责,互相配合,互相制约的制度结构,以及司法权集体行使的特殊形式有关。改革完善该制度,在模式设定上,仍应以审判为基点,同时明确侦查阶段的指定管辖并允许检察机关监督。审判中的指定管辖应由检察机关提出,由人民法院审查决定。在指导思想上,坚持程序法定原则,慎重适用指定管辖;坚持管辖便利原则,指定地点应当方便办案。在制度完善方面,需要明确指定管辖的适用范围;明确指定管辖的相关主体、考量因素及决定程序;合理设置指定管辖的具体程序,确认公民的管辖异议权与管辖申请权并予以保障。