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目的 研究浙江省手足口病患者中肠道病毒(EV)71型分离株的病毒基因特征.方法采集手足口病患者粪便、疱疹液和咽拭子标本,进行病毒分离和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)特异性扩增进行鉴定,同时选取其中6株EV71分离毒株,对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定并参考EV71 A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析和构建系统发生树.结果从14份标本中分离出EV 9株,经中和试验和RT-PCR特异性扩增,均证实为EV71.其中6株EV71分离毒株与A、B基因型参考毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别为82.9%～85.5%和94.9%～98.0%;与C基因型比较,同源性分别为89.2%～94.1%和97.0%～99.0%.而与C基因型的C1、C2、C3、C4亚型代表株的核苷酸同源性分别为91.0%～92.2%、90.2%～90.3%、89.2%～89.5%、96.7%～96.9%,其中与国内以往分离到的C4亚型毒株的核苷酸同源性可达93.8%～97.1%.在系统发生树上,这6株毒株均在C基因型中,与属C4亚型的11株毒株属同一分支.结论浙江省手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型。