【摘 要】
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利用转录组技术对鰤诺卡氏菌(Nocardia seriolae)感染的乌鳢(Channa argus)进行分析与比较,以揭示可能的免疫机制,尤其在Toll样受体和Nod样受体的免疫反应.从乌鳢的头肾提取
【机 构】
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华中农业大学水产学院,湖北武汉430070仲恺农业工程学院动物科技学院,广东广州510225;华中农业大学水产学院,湖北武汉,430070;仲恺农业工程学院动物科技学院,广东广州,510225;
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利用转录组技术对鰤诺卡氏菌(Nocardia seriolae)感染的乌鳢(Channa argus)进行分析与比较,以揭示可能的免疫机制,尤其在Toll样受体和Nod样受体的免疫反应.从乌鳢的头肾提取总RNA,采用Illumina HiSeqTM 2500进行测序和de novo转录组分析.乌鳢感染鰤诺卡氏菌后,对照组和试验组的clean reads分别是33556284 (93.79%)和34202766(93.52%).利用Trinity软件对unigenes进行注释,从133999条unigenes里,一共106319条unigenes得到注释,占79.34%; NR(NCBI non-redundant protein database)注释54886(40.97%)条uni-genes; 39795(29.69%)的Swiss-Prot注释;5885(4.39%)条unigenes被KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)注释到335条通路;5753(4.29%)被注释到GO(Gene ontology)里.3912条unigenes表达差异,其中1552条表达上调(39.67%)和2360条表达下调(60.33%).Toll样受体和Nod样受体的免疫信号通路分别有28和13条差别表达基因发现有调制,12和3个上调,11和6个下调,5和4个unigenes没有显著的变化.经过转录组测序分析显示,乌鳢感染鰤诺卡氏菌后的转录复杂程度高,导致感染个体重诱导表达的基因产品的验证发现,尤其在非特异性免疫系统方面.
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