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摘要:随着网络技术的飞速发展和网络资源的快速更新,新的查寻方法和新的信息资源不断涌现和积累,本文旨在对现有最新的网络生物医学信息资源及其查寻途径做简要的介绍,为医务及医学研究人员了解本专业前沿信息提供便利条件。
关键词:网络生物医学信息资源获取应用
【中图分类号】R-1【文献标识码】B【文章编号】1671-8801(2013)11-0543-01
1文献资源数据库
Pubmed(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/):免费的生物医学文摘数据库,提供部分论文的摘要及指向全文的链接。数据库由Med-line,Premedline和Record supplied by publisher(由出版商提供的电子文献)三部分数据源组成,Medline是它的主要数据库来源。Medline数据库是美国国立医学图书馆(NLM)系统中规模最大,权威性最高的医学数据库,它收录了1966年以来的包含医学、护理、兽医、健康保健系统及前临床科学的文献书目数据超过2200万条(2011年数据),涉及了70多个国家、30多种语言的4800多种生物医学期刊,是目前网络中应用最广泛,最便捷的医学检索数据库,众多的医疗结构通过Internet提供免费Medline检索。PUBMED数据库还与NCBI的GenBank序列数据库及分子三维结构数据库,以及一些出版社网站相链接,为用户可获得某些期刊全文提供便利。
MedBioworld(VcVcW.seieneekomm.at/in-dex.html):一个优质的医学与生物技术信息资源门户网站,是世界收集生物医学链接最多的网站,链接数目达22万个。该网站共收集了12697个杂志名册,其中的4846种杂志具有汤姆森杂志引证报告(Thomson Scientifics’Journal Citation Reports)排名数据,读者可依此了解期刊的质量。通过新闻在线(news)、基因组博客速递(Post Genomics Blog)、健康在线(Health eLine)和专业医学新闻(Profes-sional Medical News)等分类,读者可了解国际上相关领域的最新研究进展、新闻信息以及会议信息,甚至资金资源和研究工具等。
BMJ(http://www.bmj.com/):British Medi-cal Joural,英国医学期刊数据库,成立于1840年,是一个专门为临床医学工作者和机构提供信息交流的平台,其收录的30种当前国际主流杂志内容包括肿瘤、糖尿病、精神病、呼吸病等的临床实证、最佳用药及最佳治疗方式等等,数据每天更新。该网站信息流量很大,2010全年月均累计约167万个人用户下载了610万页资料,2011年影响因子达13.4,是临床医学工作者必不可少的信息获取平台。
中国生物医学文献服务系统(http://si-nomed.imicams.ac.cn/cross/search.jsp):该系统由中国医学科学院医学信息研究所/图书馆开发研制。其涵盖资源丰富,能全面、快速反映国内外生物医学领域研究的新进展;功能强大,是集检索、开放获取、个性化定题服务、全文传递服务于一体的生物医学中外文整合文献服务系统。收录的数据库包括中国生物医学文献数据库、中国医学科普文献数据库、西文生物医学文献数据库、英文文集汇编文摘数据库、英文会议文摘数据库、日文生物医学文献数据库、俄文生物医学文献数据库和北京协和医学院博硕学位论文库,各数据库记录由数万到数千万不等,是当前国内最完备的综合网络生物医学文献数据库。
2生物学数据库
三大核酸序列数据库:美国国立生物技术信息中心NCBI的GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)、欧洲分子生物学研究所EBI的EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)、日本国立遗传研究所数据库DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html)是目前国际上最大的核酸和蛋白质序列数据库,分别收集来自美洲、欧洲和亚洲各研究机构提交的核酸和蛋白质序列,三者每天互换更新数据,以保持三者数据的高度一致。读者可通过各数据库的查询系统以关键词或序列接收号的形式检索到疾病相关基因的信息,其中还包含与之相关的文献和临床信息等并提供链接,是医学分子生物学研究最主要的数据库资源。
Whitehead Institute For Biomedical Research(http://jura.wi.mit.edu/):始建于1990年,伴随着人类基因组计划(HGP)的实施而诞生的一个致力于人类基因组研究的生物医学研究机构,是一个非盈利的人类健康研究中心,为读者提供基因组序列、基因组图谱、基因组中心的软件以及所属研究人员等信息。
UniProt(http://www.ebi.ac.uk/uniprot/):日内瓦大学医学生物化学系与欧洲分子生物学实验室共同维护的蛋白质序列数据库,每条记录包括蛋白质序列,引用文献信息,分类学信息、注释等,数据均经过实验或专家校验,与三大核酸数据库中经直接翻译得到的蛋白一起构成国际上最主要的蛋白质序列数据库。
PDB(http://www.wwpdb.org/):Protein Da-ta Bank,国际上最著名的生物大分子结构数据库,由美国Brookhaven实验室建立和维护,含有通过实验(X射线晶体衍射,核磁共振NMR)测定的生物大分子的三维结构,当前已收录了71400个生物大分子的结构信息,其中90%以上是蛋白质,对于每一个结构,包含名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。
3结束语
网络上的生物医学信息资源千变万化,在使用过程中需要进行不断的跟踪、评估、补充更新,以更好地利用其为医务工作和医学研究服务。
参考文献
[1]罗爱静.中国生物医学信息资源保障体系建设的战略研究[D].中南大学,2006
[2]罗爱静,张阳德.我国生物医学信息资源保障研究进展与趋势[J].中国现代医学杂志,2006,01:155-157+160
关键词:网络生物医学信息资源获取应用
【中图分类号】R-1【文献标识码】B【文章编号】1671-8801(2013)11-0543-01
1文献资源数据库
Pubmed(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/):免费的生物医学文摘数据库,提供部分论文的摘要及指向全文的链接。数据库由Med-line,Premedline和Record supplied by publisher(由出版商提供的电子文献)三部分数据源组成,Medline是它的主要数据库来源。Medline数据库是美国国立医学图书馆(NLM)系统中规模最大,权威性最高的医学数据库,它收录了1966年以来的包含医学、护理、兽医、健康保健系统及前临床科学的文献书目数据超过2200万条(2011年数据),涉及了70多个国家、30多种语言的4800多种生物医学期刊,是目前网络中应用最广泛,最便捷的医学检索数据库,众多的医疗结构通过Internet提供免费Medline检索。PUBMED数据库还与NCBI的GenBank序列数据库及分子三维结构数据库,以及一些出版社网站相链接,为用户可获得某些期刊全文提供便利。
MedBioworld(VcVcW.seieneekomm.at/in-dex.html):一个优质的医学与生物技术信息资源门户网站,是世界收集生物医学链接最多的网站,链接数目达22万个。该网站共收集了12697个杂志名册,其中的4846种杂志具有汤姆森杂志引证报告(Thomson Scientifics’Journal Citation Reports)排名数据,读者可依此了解期刊的质量。通过新闻在线(news)、基因组博客速递(Post Genomics Blog)、健康在线(Health eLine)和专业医学新闻(Profes-sional Medical News)等分类,读者可了解国际上相关领域的最新研究进展、新闻信息以及会议信息,甚至资金资源和研究工具等。
BMJ(http://www.bmj.com/):British Medi-cal Joural,英国医学期刊数据库,成立于1840年,是一个专门为临床医学工作者和机构提供信息交流的平台,其收录的30种当前国际主流杂志内容包括肿瘤、糖尿病、精神病、呼吸病等的临床实证、最佳用药及最佳治疗方式等等,数据每天更新。该网站信息流量很大,2010全年月均累计约167万个人用户下载了610万页资料,2011年影响因子达13.4,是临床医学工作者必不可少的信息获取平台。
中国生物医学文献服务系统(http://si-nomed.imicams.ac.cn/cross/search.jsp):该系统由中国医学科学院医学信息研究所/图书馆开发研制。其涵盖资源丰富,能全面、快速反映国内外生物医学领域研究的新进展;功能强大,是集检索、开放获取、个性化定题服务、全文传递服务于一体的生物医学中外文整合文献服务系统。收录的数据库包括中国生物医学文献数据库、中国医学科普文献数据库、西文生物医学文献数据库、英文文集汇编文摘数据库、英文会议文摘数据库、日文生物医学文献数据库、俄文生物医学文献数据库和北京协和医学院博硕学位论文库,各数据库记录由数万到数千万不等,是当前国内最完备的综合网络生物医学文献数据库。
2生物学数据库
三大核酸序列数据库:美国国立生物技术信息中心NCBI的GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)、欧洲分子生物学研究所EBI的EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)、日本国立遗传研究所数据库DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html)是目前国际上最大的核酸和蛋白质序列数据库,分别收集来自美洲、欧洲和亚洲各研究机构提交的核酸和蛋白质序列,三者每天互换更新数据,以保持三者数据的高度一致。读者可通过各数据库的查询系统以关键词或序列接收号的形式检索到疾病相关基因的信息,其中还包含与之相关的文献和临床信息等并提供链接,是医学分子生物学研究最主要的数据库资源。
Whitehead Institute For Biomedical Research(http://jura.wi.mit.edu/):始建于1990年,伴随着人类基因组计划(HGP)的实施而诞生的一个致力于人类基因组研究的生物医学研究机构,是一个非盈利的人类健康研究中心,为读者提供基因组序列、基因组图谱、基因组中心的软件以及所属研究人员等信息。
UniProt(http://www.ebi.ac.uk/uniprot/):日内瓦大学医学生物化学系与欧洲分子生物学实验室共同维护的蛋白质序列数据库,每条记录包括蛋白质序列,引用文献信息,分类学信息、注释等,数据均经过实验或专家校验,与三大核酸数据库中经直接翻译得到的蛋白一起构成国际上最主要的蛋白质序列数据库。
PDB(http://www.wwpdb.org/):Protein Da-ta Bank,国际上最著名的生物大分子结构数据库,由美国Brookhaven实验室建立和维护,含有通过实验(X射线晶体衍射,核磁共振NMR)测定的生物大分子的三维结构,当前已收录了71400个生物大分子的结构信息,其中90%以上是蛋白质,对于每一个结构,包含名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。
3结束语
网络上的生物医学信息资源千变万化,在使用过程中需要进行不断的跟踪、评估、补充更新,以更好地利用其为医务工作和医学研究服务。
参考文献
[1]罗爱静.中国生物医学信息资源保障体系建设的战略研究[D].中南大学,2006
[2]罗爱静,张阳德.我国生物医学信息资源保障研究进展与趋势[J].中国现代医学杂志,2006,01:155-157+160