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内江市辖2区3县,市、县两级分别于2011年11-12月成立了促进基本公共卫生服务均等化指导中心及专家库,指导基层开展基本公共卫生服务项目工作。两年多来,项目工作取得了明显成效,居民健康档案建档率从2011年的不到70%,提高到2013年的97%,项目11大类服务质量逐步提高,但两级指导中心运行尚存在一些问题。本文就两级指导中心运行现状进行分析,并提出解决问题的相关建议。