[目的]研究牦牛源多药耐药痢疾志贺菌Sd170912全基因组序列,阐明其耐药机制。[方法]采用三代测序方法组装配合二代测序方法验证的方案,用以弥补三代测序可能出现的碱基错误及二代测序读长短无法完全拼接的缺点。首先对痢疾志贺菌Sd170912菌株进行全基因组DNA的提取。随后SMRT文库构建和二代测序文库构建及测序。对于Sd170912菌株基因组基因功能分析采用了十余个主流数据库,不同的数据库可将基因组基因按不同功能种类进行分类。[结果]通过组装分别得到了一个4.6 MB左右的染色体基因组和三个大小不等的质粒基因组。微生物基因组中包含丰富的功能区,与细菌的代谢调控及致病性、耐药性关系密切。串联重复序列广泛存在于细菌基因组中,大多数串联重复序列位于基因间区,也有部分位于编码区。在Sd170912中大部分基因岛和前噬菌体携带耐药基因和/或毒力基因,可介导基因的转移。三个质粒基因组中质粒1和质粒2携带耐药基因,且以单药耐药基因为主,并且这些基因部分存在于基因岛中,便于细菌的水平转移。这些耐药基因与细菌的耐药表型一致。[结论]Sd170912菌株除染色体序列外,还含有3个质粒序列。数据库注释发现了96个耐药基因和467个毒力相关基因。在基因岛和前噬菌体中也发现了耐药基因和毒力基因。为进一步研究耐药基因和毒力基因传播机制奠定了基础。